Theo cáo trạng, năm 2014 Phạm Chí Dũng cùng 40 đối tượng có tư tưởng bất mãn với chính quyền, trong đó có Nguyễn Tường Thụy lập nên cái gọi là “Hội nhà báo độc lập Việt Nam” do Phạm Chí Dũng làm Chủ tịch, Nguyễn Tường Thụy làm Phó Chủ tịch phụ trách “Chi hội miền Bắc”. Mục đích của “Hội nhà báo độc lập Việt Nam” là đấu tranh nhằm thay đổi thể chế chính trị tại Việt Nam.
Phạm Chí Dũng chỉ đạo tạo lập trang web, blogger “Việt Nam thời báo” và do chính mình làm quản trị để đăng tải những bài viết có nội dung xuyên tạc đường lối, chính sách của Đảng, Nhà nước CHXHCN Việt Nam. Khi đã lôi kéo được hàng chục đối tượng có tư tưởng bất mãn trong và ngoài nước, Phạm Chí Dũng sử dụng nhiều bút danh khác nhau đăng tải 1.530 tin, bài xuyên tạc, phỉ báng chính quyền nhân dân; bịa đặt, xâm phạm uy tín Đảng Cộng sản Việt Nam lên trang web, blogger nêu trên.
Trong số tin bài, Nguyễn Tường Thụy được xác định dùng 2 bút danh, viết đăng tải 245 bài; Lê Hữu Minh Tuấn dùng nhiều bút danh viết, đăng tải 534 tin, bài có nội dung tuyên truyền, xuyên tạc, xâm phạm uy tín Đảng Cộng sản Việt Nam.
Tháng 11/2019, Cơ quan An ninh điều tra Công an TP Hồ Chí Minh khởi tố vụ án, khởi tố bị can, bắt tạm giam Phạm Chí Dũng về tội “Làm, tàng trữ, phát tán hoặc tuyên truyền thông tin, tài liệu, vật phẩm nhằm chống Nhà nước CHXHCN Việt Nam”. Đến tháng 5/2020, Nguyễn Tường Thụy và Lê Hữu Minh Tuấn cùng bị bắt giữ.
Cũng theo cáo trạng, từ tháng 8/2014 đến tháng 5/2018, Phạm Chí Dũng chuyển cho Tuấn 1,5 tỷ đồng nhuận bút, trong đó Tuấn hưởng hơn 400 triệu, còn lại trả cho các đối tượng khác. Còn Nguyễn Tường Thụy nhận 308 triệu đồng, trong đó hưởng 180 triệu, số còn lại chuyển các đối tượng khác. Số tiền dùng để chi trả nhuận bút cho các đối tượng do Phạm Chí Dũng kêu gọi cá nhân, tổ chức trong và ngoài nước đóng góp.
Cáo trạng cũng nhận định hành vi của Phạm Chí Dũng cùng các đồng phạm đặc biệt nguy hiểm, gây phương hại đến an ninh quốc gia. Trước đó vào năm 2012, Phạm Chí Dũng cũng từng bị Cơ quan An ninh điều tra khởi tố, bắt tạm giam về tội “Hoạt động nhằm lật đổ chính quyền nhân dân”, nhưng sau đó vụ án được đình chỉ điều tra.
Phiên tòa dự kiến diễn ra trong 1 ngày.