Hệ thống tự động báo cháy của máy bay đã gửi thông điệp cho thấy xuất hiện khói chỉ vài phút sau khi biến mất khỏi sóng radar. Lúc đó, máy bay đang ở phía đông Địa Trung Hải. Theo cơ quan điều tra tai nạn hàng không Pháp, có khói xuất hiện ở khu vực vệ sinh trên máy bay và giả thiết có đám cháy cũng được nêu lên. Tuy nhiên, nguyên nhân vụ tai nạn khiến 66 người trên máy bay thiệt mạng đến giờ vẫn chưa xác định.
Các đội tìm kiếm vẫn hoạt động tích cực nhằm tìm kiếm các mảnh vỡ còn lại, đặc biệt là chiếc hộp đen. Tín hiệu từ chiếc hộp đen đã được phát hiện ở độ sâu nước biển khoảng 6 km. Các tàu, thuyền do chính quyền Ai Cập cũng như 5 quốc gia khác điều phối bao gồm Hy Lạp, Anh, Pháp, Mỹ và CH Síp vẫn tiếp tục mở rộng khi vực tìm kiếm phía đông Địa Trung Hải vào hôm nay, một ngày sau khi quân đội Ai Cập tìm thấy mảnh vỡ đầu tiên của chiếc Airbus. Ngày 21/5, quân đội Ai Cập đã đăng những bức ảnh mới về mảnh vỡ tìm thấy hôm qua, bao gồm một phần của chiếc ghế máy bay, một áo phao và một vật khác trông giống chiếc chăn trẻ em. Chính quyền Ai Cập cho rằng nguyên nhân vụ tai nạn thiên về khủng bố hơn là sự cố kỹ thuật bay. Một số chuyên gia hàng không nhận định có một vụ nổ bom hoặc gây lộn trong khoang lái. Theo hướng giả thuyết máy bay rơi do khủng bố, các nhà điều tra đã rà soát danh sách hành khách và thẩm vấn một số nhân viên sân bay Charles de Gaulle, nơi chiếc phi cơ cất cánh. Hiện chưa có nhóm phiến quân nào nhận trách nhiệm cho vụ việc. Điều này trái ngược với tai nạn của chiếc máy bay Nga hồi tháng 10 năm ngoái trên đường tới bán đảo Sinai của Ai Cập. Lúc đó, nhóm khủng bố Nhà nước Hồi giáo (IS) tự xưng đã ngay lập tức nhận trách nhiệm chỉ vài giờ sau tai nạn. Dù nguyên nhân là gì, thảm kịch này sẽ làm sâu sắc hơn những thách thức mà quốc gia hơn 90 triệu dân này đang đối mặt. Ai Cập đang phải chật vật để phục hồi kinh tế, đồng thời chiến đấu với các phiến quân IS rải rác ở một số khu vực. Trong 5 năm dưới thời cựu Tổng thống bị lật đổ Hosni Mubarak, ngành công nghiệp du lịch của Ai Cập đã chịu ảnh hưởng nặng nề, giá đồng nội tệ lao dốc mạnh trong khi nợ công chồng chất. Dù thảm họa mới nhất này không trực tiếp phản ánh sự yếu kém của an ninh hàng không Ai Cập, sự liên quan với những tai nạn máy bay trước đó sẽ ảnh hưởng tiêu cực tới ngành du lịch và nguồn đầu tư nước ngoài của Cairo.