Tại hội thảo, GS Bùi Văn Ga - Thứ trưởng Bộ GD&ĐT thẳng thắn cho biết: “Những thành công của công cuộc đổi mới giáo dục đại học bước đầu tuy còn khiêm tốn nhưng cho thấy chúng ta đã đi đúng hướng. Tuy nhiên việc nâng cao chất lượng giáo dục đại trà của giáo dục ĐH là thử thách rất lớn”. Thứ trưởng Bùi Văn Ga đưa ra 5 lý do cản trở đến sự phát triển của giáo dục ĐH Việt Nam. Đó là, thứ nhất, phân tầng các cơ sở giáo dục ĐH chưa rõ ràng do đó các trường không xác định được mục tiêu đào tạo cụ thể của trường mình. Điều này dẫn đến việc đào tạo theo hướng ứng dụng lại thiếu kỹ năng thực hành, đào tạo theo hướng nghiên cứu lại thiếu kiến thức chuyên sâu về lý thuyết. Do chưa phân tầng rõ rệt nên hầu hết các trường thiết kế chương trình khá tỉ mỉ về những vấn đề cụ thể nhưng lại thiếu trang bị những kiến thức tổng quát mang tính quy luật tạo nền tảng phát triển tư duy sáng tạo của SV. Thứ hai, nghiên cứu khoa học trong các trường ĐH chưa được xem là một hoạt động bắt buộc khiến cho kiến thức của giảng viên ĐH bị lạc hậu nhanh chóng và SV không được nhúng trong môi trường sáng tạo để tự mình trang bị phương pháp nghiên cứu, kinh nghiệm tự học tập để phát triển liên tục trong suốt cuộc đời hoạt động nghề nghiệp của mình. Thứ ba là thiếu đội ngũ quản trị ĐH giàu kinh nghiệm trong các nhà trường. Dù Luật Giáo dục ĐH đã giao cho các trường quyền tự chủ rất cao nhưng lãnh đạo các trường vẫn rất dè dặt trong thực hiện quyền tự chủ của mình, chưa thoát được tư duy bao cấp. Thứ tư là tâm lý chuộng bằng cấp của xã hội và động cơ thái độ học tập của SV không được xác định một cách rõ ràng và số đông hướng vào ĐH nên hệ thống giáo dục ĐH bị quá tải. Trong khi đó hệ thống dạy nghề khó tuyển được người học, phân luồng khó thực hiện, SV lại thích nghề nhẹ nhàng làm ảnh hưởng đến cơ cấu nguồn nhân lực cần thiết cho sự nghiệp CNH-HĐH đất nước. Thứ năm là suất đầu tư trên đầu SV còn khiêm tốn so với một số nước trong khu vực. Với những thách thức trên, hiện nay Bộ GD&ĐT đang có các giải pháp để tháo gỡ. “Bộ GD&ĐT luôn cầu thị, lắng nghe ý kiến đa chiều để xây dựng cơ chế chính sách thúc đẩy sự nghiệp đổi mới giáo dục ĐH tiến triển nhanh và đạt mục tiêu mong đợi”- Thứ trưởng Ga mong muốn.