Tại Kỳ họp bất thường lần thứ 9, Quốc hội khóa XV, Quốc hội đã biểu quyết thông qua Nghị quyết về cơ cấu tổ chức của Chính phủ nhiệm kỳ Quốc hội khóa XV. Theo đó, Bộ Nông nghiệp và Môi trường được thành lập trên cơ sở hợp nhất hai Bộ: NN&PTNT và TN&MT.
Sau sáp nhập, 30 đơn vị của Bộ Nông nghiệp và Môi trường thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về nông nghiệp, lâm nghiệp, diêm nghiệp, thủy sản, thủy lợi, phòng chống thiên tai, phát triển nông thôn, đất đai, tài nguyên nước, địa chất và khoáng sản, môi trường, khí tượng thủy văn, biến đổi khí hậu, đo đạc và bản đồ, viễn thám, quản lý tổng hợp tài nguyên và bảo vệ môi trường biển và hải đảo.

Đối với các đơn được thành lập trên cơ sở hợp nhất, kế thừa chức năng, nhiệm vụ mà các đơn vị đó đang đảm nhiệm; xem xét điều chuyển hợp lý những lĩnh vực giao thoa theo đúng nguyên tắc một việc chỉ giao cho một đơn vị chủ trì thực hiện và chịu trách nhiệm chính.
Đối với các đơn vị thực hiện chức năng tham mưu tổng hợp, tránh xáo trộn lớn. Các nhiệm vụ có tính chất tổng hợp, liên quan đến nhiều đơn vị thì giao một đơn vị làm đầu mối chủ trì thực hiện, có sự tham gia, phối hợp của các vụ, cục quản lý chuyên ngành.
Tại hội nghị triển khai đề án thành lập Bộ Nông nghiệp và Môi trường mới đây, Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Môi trường Đỗ Đức Duy (người được Quốc hội phê chuẩn) cho biết, đến nay, việc thành lập Đảng ủy Bộ Nông nghiệp và Môi trường đã hoàn tất đầy đủ các thủ tục cần thiết để Trung ương Đảng xem xét, ban hành quyết định.
Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ tham mưu, đề xuất Đảng ủy Chính phủ chỉ định bổ sung thành viên Ban Chấp hành và Ủy ban Kiểm tra Đảng ủy ngay sau khi hoàn thiện phương án kiện toàn các chức danh lãnh đạo cấp trưởng tại các đơn vị trực thuộc.
Bộ trưởng Đỗ Đức Duy đề nghị, các cấp ủy, tổ chức Đảng, cơ quan, đơn vị cần chú trọng công tác tư tưởng, động viên cán bộ, công chức, viên chức và người lao động trong giai đoạn chuyển đổi. Đồng thời, các chế độ, chính sách liên quan đến việc sắp xếp tổ chức cũng cần được xem xét, giải quyết kịp thời theo quy định.
Bộ trưởng Đỗ Đức Duy cũng lưu ý, đối với mỗi lĩnh vực quản lý nhà nước lớn như đất đai, khoáng sản, tài nguyên, trồng trọt - bảo vệ thực vật, chăn nuôi - thú y, Bộ sẽ chỉ thành lập tối đa 3 đơn vị sự nghiệp, tránh trùng lắp chức năng giữa các cấp.
Mô hình tổ chức các đơn vị sự nghiệp sẽ được xem xét theo ba nhóm chính: sự nghiệp nghiên cứu khoa học, sự nghiệp giáo dục - đào tạo, và các hoạt động sự nghiệp kinh tế khác.
Đối với các đơn vị sự nghiệp có quy mô tổ chức lớn, địa bàn hoạt động rộng, đòi hỏi tính chuyên môn sâu và các đơn vị đã thực hiện tự chủ, có quy mô lớn thì có thể tiếp tục duy trì và củng cố hoạt động để phục vụ công tác quản lý Nhà nước.