Trong quá trình kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, kiểm tra hoàn thuế VAT, cơ quan hải quan phải kiểm tra thực tế hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định. Cùng đó, cơ quan hải quan phải kiểm tra, đối chiếu thông tin trên tờ khai hải quan hàng hóa xuất khẩu với hợp đồng xuất khẩu; thủ tục xuất cảnh, nhập cảnh đối với phương tiện vận chuyển hàng hóa xuất khẩu phù hợp với hợp đồng vận chuyển hàng hóa; xác nhận hàng hóa thực xuất đúng các quy định.