Nếu bỏ kỳ thi THPT quốc gia thì thay bằng kỳ thi nào, là câu hỏi không dễ trả lời với mọi người. Theo TS Khuyến, trong tình hình hiện nay, nếu giao cho địa phương tự tổ chức thi để xét tốt nghiệp THPT thì không ổn, vì nhiều nơi vẫn còn mắc “bệnh thành tích”. Khi chất lượng giáo dục kém, không thực chất, các trường ĐH khó có thể mong đào tạo ra sản phẩm tốt, đáp ứng được nhu cầu thị trường. Vì thế, Bộ GD&ĐT làm sao phải quản lý tốt kỳ thi THPT quốc gia. Để làm việc này, trước hết, đề thi phải được xem xét lại. Còn nếu thi quốc gia mà tỷ lệ đỗ tốt nghiệp THPT là 98%, 99% thì tổ chức để làm gì? Vì thế, đề thi phải căn cứ vào chuẩn đầu ra của từng môn thi, được Bộ GD&ĐT xây dựng thành ngân hàng câu hỏi và có độ phân hóa đã được thử trên thí sinh, chứ không phải “vỗ trán ra đề” dẫn đến tình trạng đề môn Toán vừa qua GS ngành Toán học cũng than trời vì quá khó.Thứ nữa, kỳ thi “hai trong một” lấy kết quả xét tuyển vào ĐH, chỉ để áp dụng cho các trường top giữa và top dưới. Các trường top trên cũng nên xét tuyển sinh từ những em có điểm thi THPT quốc gia nhưng đây chỉ là vòng sơ tuyển, sau đó chung tuyển bằng việc tổ chức thi hoặc cho thí sinh làm bài kiểm tra thêm. Cũng theo TS Lê Viết Khuyến, kỳ thi THPT quốc gia vẫn nên được Bộ GD&ĐT giao về cho các địa phương tổ chức, giảm tốn kém cho phụ huynh và xã hội. Tuy nhiên, để khắc phục tình trạng gian lận điểm thi như Hà Giang và Sơn La, Bộ GD&ĐT cần tiếp tục hoàn thiện quy trình tổ chức thi, không chỉ chú ý đến coi thi, chấm thi mà cả khâu bảo quản số liệu. Tới đây, Bộ cũng nên rà soát lại hết các quy trình, chỗ nào hổng thì khắc phục. Đặc biệt chấp nhận kiểm soát chéo chứ không thể giao cho một người quét số liệu bài thi như ở Hà Giang.Việc tổ chức thi và chấm thi phải được công khai, minh bạch, kèm theo giám sát xã hội. Nghĩa là kỳ thi này có thành phần bên ngoài vào kiểm soát và lắp camera trong phòng thi, phòng chấm, phòng quét để người bên ngoài theo dõi được chứ không phải làm nội bộ với nhau. "Tôi cho rằng, Thủ tướng nên giao hẳn việc tổ chức thi cho tỉnh, TP thực hiện. Khi địa phương nào để xảy ra sai phạm thì người đứng đầu phải chịu trách nhiệm trước Thủ tướng, chứ không phải như hiện nay Bộ trưởng Bộ GD&ĐT giao cho các Sở GD&ĐT tổ chức" - TS Lê Viết Khuyến nhấn mạnh.