Theo Bộ GTVT, trong quá trình triển khai, dự án tuyến metro số 1 Yên Viên - Ngọc Hồi có các hạng mục phát sinh phải bổ sung, điều chỉnh thiết kế nhằm phù hợp với quy định của Luật Quy hoạch, Luật Thủ đô.
Ngoài ra, điều kiện thực tế và quy hoạch của địa phương cũng có nhiều điểm không phù hợp với dự án này. Thêm vào đó là tình trạng trượt giá xây dựng, tăng tỷ giá giữa tiền Yên Nhật và tiền Việt Nam ảnh hưởng không nhỏ đến việc triển khai dự án.
Bộ GTVT còn cho rằng, dự án tuyến metro số 1 Yên Viên - Ngọc Hồi còn bị ảnh hưởng của vụ việc nhà thầu JTC của Nhật Bản hối lộ 80 triệu yên (khoảng 16,4 tỷ đồng) cho một số quan chức đường sắt Việt Nam khiến dự án bị dừng từ 2014 - 2016... dẫn đến phải điều chỉnh dự án.
Đến nay, dự án chưa triển khai được gói thầu thi công, xây lắp nào, chủ yếu vẫn tập trung công tác giải phóng mặt bằng, thiết kế, lựa chọn nhà thầu cho các gói thầu chính của dự án.
Đặc biệt, khó khăn về nguồn vốn đối ứng để thực hiện giải phóng mặt bằng khu tổ hợp Ngọc Hồi nên khả năng hoàn thành giải phóng mặt bằng, đáp ứng tiến độ hoàn thành giai đoạn 1 vào năm 2024 khó đạt được.
Cụ thể, từ năm 2009 đến 2017 dự án mới được bố trí 388 tỷ đồng, kế hoạch vốn trung hạn 2016 - 2020 được giao 512 tỷ đồng và mới được bổ sung thêm 1.000 tỷ đồng.
Với những khó khăn trên, Bộ GTVT đề nghị Thủ tướng xem xét giao Bộ KH&ĐT nghiên cứu, tham mưu Thủ tướng xem xét báo cáo Quốc hội có ý kiến về chủ trương thực hiện đối với tổng thể dự án (nếu cần thiết), tương tự như dự án tuyến đường sắt đô thị số 2.
Bộ GTVT kiến nghị, Chính phủ giao Bộ tiếp tục là cơ quan chủ quản đầu tư đối với các hạng mục công trình đường sắt quốc gia thuộc giai đoạn 1 (Khu tổ hợp Ngọc Hồi).
Các hạng mục còn lại thuộc Khu tổ hợp Ngọc Hồi (các khu chức năng, công trình liên quan đến đường sắt đô thị) và đoạn tuyến từ Ngọc Hồi đến Yên Viên, Bộ GTVT kiến nghị chuyển giao nhiệm vụ chủ quản đầu tư cho UBND TP Hà Nội tiếp nhận để tiếp tục triển khai đảm bảo phù hợp với các quy định hiện hành.
Theo Bộ GTVT, việc chuyển giao các hạng mục trên về cho Hà Nội sẽ đảm bảo tính đồng bộ của dự án cũng như đồng bộ với các dự án khác đang triển khai, tạo thuận lợi trong việc điều hành, kết nối với hệ thống giao thông công cộng trên địa bàn TP.
