Số vốn bổ sung 160 tỷ đồng trên sẽ cấp cho các địa phương chi trả tiền đền bù GPMB cụ thể Hà Nội cần 105 tỷ đồng, Bắc Ninh 30 tỷ đồng, Thái Nguyên 25 tỷ đồng. Bên cạnh đó, PMU2 cũng đề nghị Bộ GTVT thống nhất với UBND TP Hà Nội nguồn kinh phí hơn 326 tỷ đồng để xây dựng các khu tái định cư; báo cáo Chính phủ chỉ đạo tỉnh Bắc Ninh giải quyết dứt điểm GPMB đoạn qua thị xã Từ Sơn, để không làm ảnh hưởng đến việc thi công dự án.