Trung tâm được thành lập trên cơ sở tổ chức lại Trung tâm Nước sinh hoạt và vệ sinh môi trường nông thôn, và bộ phận giúp việc Văn phòng Điều phối chương trình xây dựng nông thôn mới Hà Nội. Đây sẽ là đơn vị sự nghiệp công lập, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản theo quy định của pháp luật. 

Nhiệm vụ chuyên môn chủ yếu của Trung tâm là thu thập, xây dựng, sử dụng cơ sở dữ liệu về môi trường nông nghiệp, nông thôn phục vụ quản lý Nhà nước. Thực hiện phân tích xét nghiệm, kiểm nghiệm, kiểm định các chỉ tiêu về môi trường nông nghiệp nông thôn theo quy định. 

Tổ chức truyền thông, phổ biến giáo dục, vận động, hướng dẫn Nhân dân bảo vệ môi trường nông thôn tại địa phương. Đồng thời, thực hiện sản xuất, tiêu thụ nước sạch nông thôn; quản lý, khai thác, sử dụng và bảo vệ các công trình cấp nước sạch nông thôn tập trung được giao…

UBND TP Hà Nội giao các sở, ngành phối hợp thực hiện quyết định. Trước mắt, Sở NN&PTNT Hà Nội chủ trì, phối hợp với các cơ quan, đơn vị thực hiện việc bố trí, sắp xếp, ổn định tổ chức bộ máy, nhân sự, cơ sở vật chất, kinh phí, trang thiết bị, cũng như hồ sơ tài liệu liên quan để sớm thực hiện chức năng nhiệm vụ của Trung tâm theo quy định…