Trong quá trình điều tra, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an TP Hải Phòng xác định từ tháng 8/2020 đến tháng 8/2021, tại trường THPT Nguyễn Trãi xảy ra việc lập khống hồ sơ thanh toán các hạng mục công trình để rút tiền ngân sách Nhà nước.
Ngày 5/5, Cơ quan Cảnh sát điều tra, Công an TP Hải Phòng ra quyết định khởi tố vụ án hình sự tội ''Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ'' xảy ra tại trường THPT Nguyễn Trãi để điều tra, xử lý theo quy định của pháp luật.
Trao đổi với báo chí, một lãnh đạo Sở Giáo dục và Đào tạo TP Hải Phòng cho biết vụ việc xảy tại trường THPT Nguyễn Trãi có liên quan trực tiếp đến Hiệu trưởng nhà trường. Trong thời gian tới, Sở Giáo dục và Đào tạo sẽ xử lý các cán bộ liên quan khi nhận được thông tin chính thức từ cơ quan công an.