Theo đó, ngoài vốn bố trí cho các dự án đa mục tiêu thuộc các chương trình mục tiêu quốc gia, các chương trình mục tiêu của Chính phủ, chương trình/dự án bố trí vốn từ nguồn ngân sách địa phương hay từ nguồn vốn xã hội hóa, giai đoạn 2016 - 2020, ngân sách Trung ương đã bố trí trên 113.000 tỷ đồng nhằm nâng cao năng lực PCTT.
Cụ thể, Chương trình mục tiêu tái cơ cấu kinh tế nông nghiệp, PCTT và ổn định đời sống dân cư với các dự án củng cố, tu bổ hệ thống đê sông, đê biển; công trình phòng chống úng ngập, triều cường; đảm bảo an toàn hồ chứa, khắc phục thiên tai, hạn hán, xâm nhập mặn và cung cấp nước ngọt trên các đảo đông dân cư; Hỗ trợ ổn định đời sống dân cư bị thiệt hại do thiên tai gây ra. Tổng mức đầu tư của Chương trình này trong giai đoạn 2016 - 2020 là 14.882 tỷ đồng.
Chương trình mục tiêu phát triển kinh tế thủy sản bền vững, với các dự án như hệ thống thủy lợi phục vụ nuôi trồng thủy sản; hệ thống cảng cá, khu neo đậu tránh trú bão cho tàu thuyền nghề cá... Tổng mức đầu tư của Chương trình trong giai đoạn 2016 - 2020 là 4.350 tỷ đồng.
Chương trình mục tiêu phát triển lâm nghiệp bền vững với các dự án phòng, chống cháy rừng, trồng rừng, với tổng mức đầu tư của Chương trình là 3.589 tỷ đồng. Chương trình chống hạn và xâm nhập mặn vùng Nam Trung Bộ và Tây Nam Bộ với số vốn bố trí là 5.000 tỷ đồng.
Chương trình mục tiêu ứng phó với biến đổi khí hậu và tăng trưởng xanh với các dự án như xây dựng, nâng cấp hồ, đập; xây dựng, nâng cấp hệ thống kiểm soát mặn, giữ ngọt phù hợp với Kế hoạch đồng bằng sông Cửu Long; xây dựng, nâng cấp 200km đê, kè sông, biển xung yếu ở những khu vực có ảnh hưởng lớn và trực tiếp đến sản xuất, tính mạng và đời sống của trên 3 triệu người dân ở những khu vực ven sông, ven biển. Tổng mức đầu tư của Chương trình trong giai đoạn 2016 - 2020 là 15.866 tỷ đồng.
Ngoài ra, vốn trái phiếu Chính phủ đầu tư các dự án thủy lợi do Bộ NN&PTNT quản lý với số vốn bố trí là 36.800 tỷ đồng. Các dự án sử dụng nguồn vốn ODA với tổng nguồn vốn được bố trí là 35.823 tỷ đồng. Cùng với đó là các dự án sử dụng nguồn vốn dự phòng từ ngân sách T.Ư hằng năm nhằm khắc phục khẩn cấp hậu quả do thiên tai gây ra, trung bình khoảng 4.000 tỷ đồng/năm; luỹ kế cả giai đoạn 2016 - 2020 khoảng 20.000 tỷ đồng.