Theo đánh giá của Bộ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Thị Kim Tiến, hiện nay, hệ thống pháp luật về ATTP đã toàn diện và đầy đủ. Các Bộ Y tế, NN&PTNT, Công Thương đã có nhiều cố gắng trong thực hiện quản lý ATTP. Tuy nhiên, một số chính sách hỗ trợ phát triển sản xuất, bảo đảm chất lượng, ATTP chưa thực sự hiệu quả, do thủ tục để hưởng chính sách hỗ trợ còn phức tạp. Có tình trạng chậm trong xử lý dứt điểm một số tồn tại như chất cấm trong chăn nuôi, tồn dư thuốc bảo vệ thực vật, hóa chất kháng sinh trong thực phẩm. Tại nhiều địa phương, dù tổ chức thanh tra, kiểm tra nhiều nhưng tỷ lệ xử lý thấp, kỷ cương, kỷ luật không nghiêm.
Các thành viên của đoàn giám sát cơ bản tán thành với nhận định nêu trên. Song qua khảo sát thực tế tại các điểm, khu vực có lưu lượng hàng hóa lớn, cơ sở giết mổ tập trung trên địa bàn nhiều tỉnh, TP, Phó Chủ tịch Quốc hội Phùng Quốc Hiển và các đại biểu chỉ ra rằng, dù văn bản nhiều, nhưng tính pháp điển hóa, tính cụ thể, khả thi chưa cao, tạo kẽ hở trong quản lý. Công tác tổ chức bộ máy, bố trí cán bộ, đào tạo cán bộ ATTP chưa tương xứng với yêu cầu. Càng đi sâu xuống cơ sở, thì nhận thức, trách nhiệm càng giảm dần. Việc thực hiện pháp luật về ATTP ở nhiều địa phương còn hình thức...
Thống kê cho thấy, trong 5 năm qua, cơ quan chức năng kiểm tra tại 3.350.035 cơ sở, phát hiện 678.755 cơ sở vi phạm, mới chỉ xử lý 136.545 cơ sở, chiếm 20%. Số cơ sở bị xử lý tăng từ 17,6% trong năm 2015 lên 23,4% trong năm 2016, tỷ lệ cơ sở bị phạt tiền tăng từ 50,5% lên 67%, số tiền phạt trung bình một cơ sở tăng từ 3,59 triệu lên 3,73 triệu đồng. Trong khi đó, công tác điều tra, xử lý hình sự đối với các hành vi vi phạm pháp luật về ATTP hiệu quả chưa cao do khó khăn trong việc áp dụng các quy định của pháp luật hình sự.
5 năm qua, cơ quan điều tra các cấp chỉ khởi tố hình sự được 1 vụ, 3 bị can về tội vi phạm các quy dịnh vệ sinh ATTP; đề nghị truy tố 90 vụ, 148 bị can có hành vi phạm tội liên quan đến ATTP theo các tội danh khác. "Kết quả xử lý hình sự nêu trên, theo nhận xét của cử tri là chưa nghiêm" - Bộ trưởng Nguyễn Thị Kim Tiến nhấn mạnh.
Giải trình về các nội dung Đoàn giám sát quan tâm, Phó Thủ tướng Chính phủ Vũ Đức Đam cho rằng: Hạn chế trong quy định pháp luật, mô hình quản lý Nhà nước về ATTP hay kinh phí không phải là nguyên nhân chính của những tồn tại, hạn chế trong thực hiện chính sách, pháp luật về ATTP mà là do tổ chức triển khai thực hiện và thanh tra, kiểm tra hạn chế.
Phó Thủ tướng Chính phủ nhấn mạnh, thời gian tới cần tổ chức quản lý ATTP theo nguy cơ, rủi ro, quản lý dọc theo chuỗi. Hình thành xuyên suốt từ T.Ư đến địa phương hệ thống quản lý rủi ro, đánh giá thực trạng ATTP dựa trên bằng chứng, số liệu cụ thể tránh đánh giá định tính, không chính xác. Đồng thời, công tác truyền thông bên cạnh tuyên truyền về các vi phạm cũng cần chủ động hướng đến tuyên truyền sản xuất, chế biến, phân phối, tiêu dùng sạch.
Đoàn giám sát tối cao của Quốc hội cũng đề nghị, các bộ, ngành, địa phương cần tiếp tục bám sát quy định của Luật ATTP trong quá trình chỉ đạo, điều hành thực tế; tăng cường kiểm tra đột xuất; kiện toàn mô hình tổ chức quản lý về ATTP sao cho phù hợp. Đồng thời, đẩy mạnh xã hội hóa trong công tác kiểm tra, kiểm dịch thực phẩm, phát huy sức mạnh cộng đồng trong giám sát thực hiện ATTP.