Một số loại thuốc không thích hợp ngâm rượu, ví dụ như thuốc Đông y dạng khoáng, bởi vì thành phần có ích trong đó rất khó chiết xuất ra khi ngâm với rượu. Một số thảo dược dạng khoáng còn hàm chứa thành phần có độc, ví dụ chứa thủy ngân, chì, asen… đều không thích hợp để ngâm rượu.
Ngoài ra, nếu muốn dùng rắn độc để ngâm rượu thuốc thì cần sử dụng dưới sự hướng dẫn của thầy thuốc Đông y.
Thông thường, thời gian ngâm rượu thuốc khoảng 15 - 30 ngày. Thời gian quá dài ở một mức độ nào đó sẽ làm cho ethanol bay hơi, sau khi nồng độ giảm thấp, tác dụng kháng khuẩn sẽ giảm đi, thảo dược có thể sinh ra nấm mốc. Uống phải rượu thuốc biến chất giống như ăn phải thực phẩm khuẩn mốc, sẽ gây ra tổn thương nhất định cho dạ dày, đường ruột và gan. Nếu sau khi uống rượu xong có hiện tượng mặt đỏ, hoa mắt, chóng mặt, nôn ọe, tim đập nhanh quá độ… thì đó là phản ứng ban đầu của trúng độc, nên nhanh chóng đến bệnh viện.
Một số nguyên nhân gây ngộ độc khi sử dụng rượu thuốc:
Do mua nhầm thuốc độc: người thu hái nhầm các loại rễ cây có độc như lá ngón, mã tiền, hoàng nàn, phụ tử, cà độc dược... phần lớn là dược liệu thuộc bảng độc A, đem về phơi khô rồi bán. Khi thuốc khô và được băm nhỏ, khó nhận dẫn đến ngộ độc nặng và tử vong.
Do các chất bảo quản phun trên thuốc: để bảo quản thuốc phiến, người ta thường sử dụng một số chất độc như lưu huỳnh, chì, kẽm, thạch tín, nhôm, được phun hoặc bôi lên bề mặt dược liệu, nếu mua thuốc về ngâm rượu ngay thì chất độc khuếch tán rất nhanh, uống vào sẽ bị nhiễm độc. Do nấm mốc phát triển trên dược liệu vì bảo quản không đúng quy cách, chính các độc tố sản sinh từ nấm mốc, nhất là aflatoxin, dẫn đến ngộ độc trước mắt, còn lâu dài dẫn đến ung thư gan.
Do phản ứng hóa học trong rượu: rượu là dung môi có thể hòa tan rất nhiều chất có lợi cũng như có hại trong các vị thuốc, trong đó đáng kể là nhóm ancaloit, saponosit ở liều cao gây phá huyết, tanoit gây kích ứng niêm mạc ruột... dễ dẫn đến các rối loạn hệ thần kinh, tuần hoàn và tiêu hóa.
Do sự tương tác trong thành phần bài thuốc: theo y học cổ truyền, khi dùng chung các vị thuốc với nhau sẽ xuất hiện sự tương tác. Trong đó có hiện tượng tương phản giữa các chất có trong thuốc, cũng như khi uống rượu thuốc rồi ăn chung với những món ăn dễ xảy ra sự tương kỵ làm người dùng bị phản ứng ngộ độc gây co giật, sốt cao, bứt rứt, tay chân bải hoải, mất kiểm soát ý thức, đau đớn và sưng phù toàn thân.
Vì vậy, người uống rượu thuốc cần lưu ý: Không uống rượu ngâm với thuốc không rõ nguồn gốc, tên tuổi; các loại rượu thuốc đều có chỉ định điều trị rõ ràng, nếu không biết không nên sử dụng, liều lượng nhất định trong ngày theo chỉ định, không nên lạm dụng để uống cho say.