Nghị định quy định, việc cấp phép thăm dò, khai thác cát, sỏi lòng sông phải bảo đảm các nguyên tắc khi cấp phép thăm dò khoáng sản, khai thác khoáng sản quy định tại khoản 1 Điều 40, khoản 1 Điều 53 Luật Khoáng sản. Bên cạnh đó, cần bảo đảm nguyên tắc: Được thực hiện thông qua hình thức đấu giá quyền khai thác khoáng sản, trừ trường hợp thuộc khu vực không đấu giá quyền khai thác khoáng sản được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về khoáng sản.
Trường hợp khu vực đề nghị cấp phép thăm dò, khai thác cát, sỏi lòng sông nằm giáp ranh từ 2 tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương trở lên, trước khi cấp phép, UBND cấp tỉnh nơi có tổ chức, cá nhân đề nghị cấp phép phải lấy ý kiến bằng văn bản của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh là địa phương giáp ranh. Trước khi cấp phép, UBND cấp tỉnh lấy ý kiến chấp thuận bằng văn bản của cơ quan quản lý nhà nước về đường thủy nội địa, phòng chống thiên tai, thủy lợi và đáp ứng các yêu cầu quy định tại Điều 15 Nghị định này.
Nghị định cũng quy định khu vực cấm, khu vực tạm thời cấm khai thác cát, sỏi. Cụ thể, việc khoanh định khu vực cấm hoạt động khai thác, khu vực tạm thời cấm hoạt động khai thác cát, sỏi lòng sông được thực hiện theo quy định tại Điều 28 của Luật Khoáng sản; các quy định của pháp luật về thủy lợi, đê điều, giao thông thủy nội địa, quy định của pháp luật khác liên quan.
Căn cứ đặc điểm địa hình, địa chất, hình thái của lòng sông, chế độ dòng chảy, diễn biến lòng, bờ, bãi sông và thực trạng, diễn biến tình hình xói, lở, bờ, bãi sông, các khu vực sau được khoanh định là khu vực cấm hoạt động khai thác cát, sỏi lòng sông: Khu vực đang bị sạt, lở; Khu vực đã bị sạt, lở và có nguy cơ tiếp tục bị sạt, lở; Khu vực bờ sông không ổn định, có nguy cơ sạt, lở; Khu vực khác có tầm quan trọng trong việc bảo đảm sự ổn định, an toàn của bờ sông; khu vực có công trình quốc phòng an ninh, khu đô thị, khu dân cư, khu vực có công trình đê điều, thủy lợi, giao thông, cấp thoát nước, quan trắc, giám sát và các công trình hạ tầng kỹ thuật khác mà việc khai thác cát, sỏi lòng sông có thể làm gia tăng nguy cơ mất ổn định bờ sông do UBND cấp tỉnh quyết định.
Các khu vực được khoanh định là khu vực tạm thời cấm hoạt động khai thác cát, sỏi lòng sông gồm khu vực liền kề với khu vực quy định tại khoản 2 Điều này mà việc khai thác cát, sỏi trên sông có thể làm gia tăng nguy cơ gây sạt, lở và khu vực khác do UBND cấp tỉnh xem xét, quyết định để bảo đảm yêu cầu phòng, chống sạt, lở bờ sông.
UBND cấp tỉnh căn cứ các quy định trên tổ chức khoanh định khu vực cấm hoặc tạm thời cấm hoạt động khai thác cát, sỏi lòng sông trên địa bàn, lấy ý kiến các cơ quan theo quy định của pháp luật về khoáng sản; ý kiến của Ủy ban lưu vực sông liên quan (nếu có), gửi Bộ TN&MT để rà soát, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt.