Nations Cup 2016 có 4 đội tham gia gồm: U21 Thái Lan, U21 Việt Nam, U21 Singapore và chủ nhà U21 Malaysia, diễn ra từ ngày 3-5/6, theo thể thức loại trực tiếp.
Ở trận đầu tiên, U21 Việt Nam sẽ gặp U21 Thái Lan. Nếu giành chiến thắng, thầy trò HLV Hoàng Anh Tuấn sẽ gặp đội thắng trong cặp U21 Malaysia và U21 Singapore ở chung kết. Theo HLV Hoàng Anh Tuấn, với lực lượng gồm các cầu thủ thuộc lứa U19, nên việc tham dự giải đấu này sẽ là cơ hội rất tốt để tạo tiền đề cho U19 Việt Nam hướng tới giải U19 Đông Nam Á và đặc biệt là VCK U19 châu Á 2016 sắp tới. "Chúng tôi không đặt gánh nặng về thành tích cho các cầu thủ tại Nations Cup 2016, bởi đây là cơ hội để họ thi đấu cọ xát, tích lũy kinh nghiệm thi đấu quốc tế phục vụ cho 2 sân chơi chính nói trên. Tôi hy vọng, các cầu thủ sẽ có những trải nghiệm tốt và Ban huấn luyện cũng sẽ có những bài test hiệu quả ở giải đấu này”, HLV Hoàng Anh Tuấn nói. Theo danh sách HLV Hoàng Anh Tuấn chốt đội tuyển U21 Việt Nam sang Malaysia thi đấu, 4 cái tên sẽ không đồng hành cùng U21 Việt Nam tại Nations Cup 2016 gồm: Tuấn Hải, Trọng Hóa, Thành Chung và Hoàng Đức. Cả 4 cầu thủ này đều đang bị chấn thương và cần thêm nhiều thời gian để điều trị hồi phục. Danh sách ĐT U21 Việt Nam tham dự Nations Cup 2016: Thủ môn (3): Bùi Tiến Dũng (Thanh Hóa), Đỗ Sỹ Huy (Hà Nội T&T), Nguyễn Thanh Tuấn (PVF). Hậu vệ (8): Hồ Tấn Tài (Bình Định), Nguyễn Trọng Đại (Viettel), Nguyễn Đức Chiến (Viettel), Huỳnh Tấn Sinh (QNK Quảng Nam), Nguyễn Ngọc Toàn (Bình Định), Đoàn Văn Hậu (Hà Nội T&T), Đỗ Thanh Thịnh (SHB Đà Nẵng), Mạc Đức Việt Anh (PVF). Tiền vệ (10): Tống Anh Tỷ (B.Bình Dương), Lương Hoàng Nam (HA.GL), Trần Duy Khánh (B.Bình Dương), Bùi Tiến Dụng (PVF), Nguyễn Quang Hải (Hà Nội T&T), Phan Thanh Hậu (HA.GL), Triệu Việt Hưng (HA.GL), Trương Văn Thái Quý (PVF), Nguyễn Đức Hoàng Minh (Viettel), Dương Văn Hào (Viettel). Tiền đạo (3): Hà Đức Chinh (PVF), Nguyễn Tiến Linh (B.Bình Dương), Nguyễn Công Thành (Đồng Tháp).