- Truyền thuyết kể rằng vào thời nhà Trần, ở làng Bối Khê có một người phụ nữ nằm mộng thấy đức Phật giáng sinh, rồi có mang, sinh ra đứa con trai. Năm lên 9 tuổi, sau khi bố mẹ mất, người con trai ấy bỏ nhà vào tu ở chùa Đại Bi trong làng.
- Lên 15 tuổi, đến thôn Tiên Lữ, xã Tiên Phương, (huyện Chương Mỹ , Hà Nội ngày nay), thấy cảnh đẹp, người xin yết kiến và theo học kinh kệ với vị trưởng lão tu tại ngôi chùa trên núi.
- Sau mười năm học đạo, người thanh niên đó hiểu thấu mọi phép linh thông. Vua Trần nghe tiếng, sắc phong là Hòa Thượng, đặt hiệu là Đức Minh rồi mời về tu ở chùa trong kinh đô.
- Sau khi vị trưởng lão ở chùa Tiên Lữ viên tịch, Hòa Thượng Đức Minh xin về làng dựng ngôi chùa mới. Năm 95 tuổi, Sư ngồi vào một cái khám gỗ, từ biệt đệ tử rồi siêu thoát.
- Một trăm ngày sau, đệ tử mở cửa khám, kim quang Sư bay mùi thơm nức, ngào ngạt gần xa. Dân làng và đệ tử xây tháp để gìn giữ kim thân và tôn thờ là đức Thánh Bối.
- Theo một số tài liệu, chùa được xây dựng từ thời Lý Cao Tông (1176-1210). Nhưng ngôi chùa lớn với quy mô như hiện nay là đã được trùng tu và xây dựng thêm qua nhiều triều đại.
- Sở dĩ chùa có tên là Trăm Gian vì quần thể kiến trúc ở đây có đến 104 gian nhà, chia thành 3 cụm kiến trúc chính.
- Cụm thứ nhất gồm 4 cột trụ và 2 quán, trước đây là nơi đánh cờ người trong ngày hội, tiếp đó là nhà Giá Ngự nhìn ra mặt hồ sen, nơi đặt kiệu thánh để xem trò múa rối nước.
- Trèo qua mấy trăm bậc gạch xây là tới cụm thứ hai gồm một toà gác chuông 2 tầng mái, có lan can chạy quây 4 mặt. Các ván bằng đều có chạm hình mây hoa. Tại đây treo một quả chuông cao 1,10 m, đường kính 0,6 m, đúc năm Cảnh Thịnh thứ hai, 1794. Trên chuông có khắc một bài minh của Phạm Huy Ích.
- Qua gác chuông, leo 25 bậc đá xanh hình rồng mây đến sân trên có kê một sập đá hình chữ nhật. Lại leo 9 bậc đá, hai bên có lan can chạm hình rồng cuộn khúc thế tới cụm thứ 3 đó là chùa chính, gồm nhà bái đường, tòa thiêu hương và thượng điện.
- Hai bên là 2 dãy hành lang. Trong cùng là nhà tổ, giữa lại có lầu trống bên trong treo một cỗ trống lớn, đường kính 1 m và một tấm khánh đồng dài 1,20 m, cao 0,60 m đúc năm 1749, Cảnh Hưng thứ 10. Tại đây có 153 pho tượng, hầu hết bằng gỗ, một số ít bằng đất nung, đặc biệt quý là tượng Tuyết Sơn, tượng Quan Thế Âm Bồ Tát. Ở giữa thượng điện có một bệ bằng đất nung đỏ hình khối chữ nhật, giống kiểu các bệ đá thời nhà Trần. Trên bệ đá là đài sen, xung quanh trang trí nhiều hình động vật và hoa lá, bốn góc có hình chim thần. Trên bệ đặt các tượng Phật tam thế.
- Trong chùa còn có nhiều bia, hoành phi, câu đối... Riêng có hai câu đối khảm trai, tương truyền có từ thời nhà Hồ (1400-1406).
- Trong chùa có tượng đô đốc Đặng Tiến Đông, một tướng lĩnh nhà Tây Sơn, chỉ huy đạo quân đánh vào phía nam Thăng Long. Tượng này được phát hiện vào năm 1972. Ngoài ra còn có tượng Đức Thánh Bối đặt trong khám gỗ gian bên phải. Đây là tượng cốt rút bằng mây đan ngoài bọc vải sơn, tương truyền là tượng bỏ hài cốt của ông.
- Vì quá xuống cấp, gây nguy hiểm cho khách thập phương nên năm 2012, Nhà tổ và Gác khánh chùa Trăm Gian đã được trùng tu, xây mới.
- Chùa Trăm Gian đã được công nhận là di tích lịch sử quốc gia.