Theo Bộ Y tế, các căn nguyên gây viêm não thường là các virus arbo (trong đó có virus viêm não Nhật Bản), virus herpes, các virus đường ruột (như EV71 gây bệnh tay chân miệng), sởi, quai bị và các virus khác... Do các triệu chứng lâm sàng rất khó phân biệt giữa các chủng virus, do đó việc chẩn đoán nguyên nhân phải thông qua việc xét nghiệm xác định virus. Như vậy, bệnh viêm não Nhật Bản chỉ là một trong những nguyên nhân phổ biến gây bệnh viêm não virus ở Việt Nam.
Viêm não virus xảy ra rải rác quanh năm, giai đoạn năm 2001 - 2004 ghi nhận số mắc cao, trung bình 2.000 - 2.200 trường hợp/năm, 10 năm trở lại đây số trường hợp mắc viêm não virus trung bình giảm còn khoảng 1.000 - 1.200 trường hợp/năm, có từ 20 - 50 trường hợp tử vong. Trong đó bệnh viêm não Nhật Bản ghi nhận 200 - 300 trường hợp mắc, bệnh thường tăng cao vào các tháng mùa hè.
Trong 6 tháng đầu năm 2017, cả nước ghi nhận 62 trường hợp mắc viêm não Nhật Bản, trong đó có 1 trường hợp tử vong tại tỉnh Sơn La. Số mắc rải rác, chủ yếu tại các tỉnh khu vực miền Bắc, miền Nam. Các tỉnh, thành phố có số mắc cao là Hưng Yên, Nghệ An, Hà Nội, Sơn La, Khánh Hòa, Kiên Giang và Kon Tum.
Để chủ động phòng chống dịch bệnh, Cục Y tế dự phòng và đã thành lập 7 đoàn công tác đi kiểm tra công tác phòng chống dịch tại các địa phương. Riêng đối với bệnh viêm não Nhật Bản, hiện đã được đưa vào tiêm chủng thường xuyên hàng tháng trong chương trình tiêm chủng mở rộng, được tiêm miễn phí cho trẻ 1- 5 tuổi. Bộ Y tế chỉ đạo các địa phương tăng cường quản lý đối tượng tiêm chủng, đảm bảo tỷ lệ tiêm chủng ở mức cao, đưa phần mềm quản lý tiêm chủng vào sử dụng trên phạm vi cả nước, hạn chế đến mức thấp nhất việc bỏ sót trẻ trong độ tuổi tiêm chủng không được tiêm chủng.
Đặc biệt, trong năm 2017, Bộ Y tế đã phê duyệt kế hoạch tổ chức chiến dịch tiêm vắc xin phòng viêm não Nhật Bản bổ sung cho đối tượng trẻ từ 6-15 tuổi tại 16 tỉnh, TP hiện đang lưu hành dịch bệnh viêm não Nhật Bản, có nguy cơ bùng phát dịch cao nhằm giảm đến mức thấp nhất số mắc và tử vong các trường hợp viêm não Nhật Bản.
Mặc dù so với cùng kỳ năm 2016, số mắc viêm não Nhật Bản cả nước trong 6 tháng đầu năm 2017 giảm 11,4%. Tuy nhiên, hiện nay đang vào mùa dịch nên để chủ động phòng chống bệnh viêm não virus, trong đó có Viêm não Nhật Bản, Bộ Y tế khuyến cáo người dân và cộng đồng cần thực hiện các biện pháp sau:
1. Đưa trẻ đi tiêm phòng đầy đủ và và đúng lịch.
2. Thực hiện tốt vệ sinh môi trường, nhà ở sạch sẽ, vệ sinh chuồng trại chăn nuôi, chuồng gia súc phải xa nhà, diệt muỗi tại các chuồng trại gia súc, loại bỏ các ổ bọ gậy.
3. Nằm màn kể cả ban ngày và ban đêm, thường xuyên sử dụng các biện pháp xua, diệt muỗi; không để trẻ em chơi gần chuồng gia súc.
4. Thường xuyên rửa tay với xà phòng, đảm bảo an toàn thực phẩm, ăn chín, uống chín.
5. Hạn chế tiếp xúc với người bệnh và đeo khẩu trang khi chăm sóc người bệnh.
6. Nếu có các dấu hiệu: sốt cao và kèm theo những rối loạn ở hệ thống thần kinh trung ương (co giật, rối loạn vận động, lơ mơ, hôn mê…) phải đến ngay cơ sở y tế để được tư vấn và điều trị kịp thời.