Để phát huy tối đa sức mạnh của đòn bẩy đó, TP cần chuẩn bị một hệ thống giao thông kết nối xứng tầm với nó.
Tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đã được định hướng trong các quy hoạch ngành quốc gia thuộc lĩnh vực giao thông vận tải. Việc đầu tư xây dựng tuyến đường sắt tốc độ cao này sẽ giải quyết rất nhiều vấn đề, nhất là tăng cường năng lực vận chuyển hàng hóa và hành khách dọc tuyến, tăng cường khả năng kết nối vùng, liên vùng và các vùng kinh tế trọng điểm từ Bắc vào Nam.
Với Hà Nội, nó sẽ tạo nên một đường liên kết mạnh mẽ, động lực cho phát triển kinh tế - xã hội, đẩy nhanh quá trình đô thị hóa khu vực cửa ngõ phía Nam. Hiện khu vực này đã được quy hoạch xây dựng đô thị Phú Xuyên và phụ cận. Đô thị Phú Xuyên, tập trung nhiều đầu mối giao thông quốc gia như: Quốc lộ 1A, cao tốc Bắc - Nam, đường sắt Bắc - Nam; cao tốc Tây Bắc - Quốc lộ 5 và cảng sông Vạn Điểm.
Các khu công nghiệp Phú Xuyên là nơi thuận lợi để di dời công nghiệp từ các khu vực nội đô, khu vực Hà Tây (cũ) tới và phù hợp phát triển dịch vụ trung chuyển hàng hóa. Các khu công nghiệp này liên kết với các khu công nghiệp Đồng Văn (Hà Nam), tạo điều kiện hỗ trợ phát triển nông nghiệp đồng bằng phía Nam sông Hồng.
Để chuẩn bị cho việc kết nối thuận lợi nhất với tổ hợp ga Ngọc Hồi, đô thị cửa ngõ phía Nam, Hà Nội đang chuẩn bị triển khai hàng loạt dự án giao thông quan trọng như: mở rộng Quốc lộ 1A; đường trục phía Nam (tỉnh Hà Tây cũ); đường nối cao tốc Pháp Vân - Vành đai 3; đường 70… Đây sẽ là mạng lưới hạ tầng giữ vai trò chính, cùng với hệ thống tỉnh lộ đan xen chặt chẽ phục vụ lưu thông hàng hóa, hành khách giữ đô thị cửa ngõ phía Nam với các địa phương trong Hà Nội; giữa Hà Nội với các tỉnh lân cận và ngược lại.
Để phát huy hết thế mạnh vị trí địa lý cũng như khai thác tối đa hiệu quả từ tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam vốn đặt mục tiêu chính là vận chuyển hành khách, Hà Nội đã có những phương án chuẩn bị rất đầy đủ. Tổ hợp ga Ngọc Hồi, khi xây dựng sẽ phải có phương án kết nối các loại hình vận tải như: ĐSĐT, xe buýt. Để khi hành khách đổ về đầu mối giao thông này sẽ được phân tỏa vào trung tâm TP, hay các địa phương khác thông qua hệ thống giao thông đường bộ, vận tải hành khách công cộng năng lực lớn.
Hiện Hà Nội cũng đã đưa ra định hướng xây dựng sân bay thứ hai phía Nam. TP đã đề xuất Bộ GTVT xem xét bổ sung 1 ga của tuyến đường sắt tốc độ cao tại Phú Xuyên. Đây là ga đệm để trước khi về ga cuối sẽ giải tỏa hành khách từ xa.
Đồng thời, TP đề xuất một tuyến ĐSĐT nối từ sân bay thứ 2 với Ga Phú Xuyên (tuyến số 1A: Ngọc Hồi - đường Ngọc Hồi - Phú Xuyên - Sân bay thứ 2); ngoài ra còn đề xuất một tuyến ĐSĐT số 12: Xuân Mai - Quốc lộ 21 - Đường trục Bắc Nam - Đường Đỗ Xá - Quan Sơn - Phú Xuyên. Với hai tuyến ĐSĐT, cùng mạng lưới xe buýt phù hợp, chắc chắn Hà Nội sẽ bảo đảm đủ năng lực vận chuyển hành khách theo cả hai chiều đi và đến đô thị cửa ngõ phía Nam nới có cả sân bay, tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam, đường sắt quốc gia, bến xe khách liên tỉnh.
Vấn đề lớn nhất hiện nay là Hà Nội phải gấp rút chuẩn bị cho đầu tư, đặc biệt là với hai tuyến ĐSĐT vừa đề xuất bổ sung, để khi tuyến đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam đi vào hoạt động sẽ có ngay một hệ thống hạ tầng và vận tải công cộng tương xứng, khớp nối, bổ trợ.
