Vị trí, thiết kế nhà ga ngầm C9 và tuyến ngầm Dự án ĐSĐT TP Hà Nội tuyến 2, đoạn Nam Thăng Long - Trần Hưng Đạo hiện cơ bản đang nằm trong vùng phụ cận, có một phần thân ga C9 và công trình phụ trợ nằm trong ranh giới khu vực bảo vệ (dưới ngầm) của Di tích quốc gia đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn. Bộ VHTT&DL đã có nhiều văn bản đề nghị UBND TP Hà Nội nghiên cứu điều chỉnh hướng tuyến, vị trí nhà ga C9 và các công trình phụ trợ bảo đảm không gây ảnh hưởng bất lợi đối với khu vực bảo vệ di tích.
Để bảo đảm tính khả thi cũng như giảm tối đa ảnh hưởng đến tiến độ, chất lượng dự án đầu tư, UBND TP Hà Nội đã giao Ban Quản lý ĐSĐT Hà Nội chủ trì, phối hợp các cơ quan liên quan nghiên cứu bổ sung theo 3 phương án đối với nhà ga C9. Theo đó, phương án 1 là nghiên cứu kỹ về tiêu chuẩn kỹ thuật, công nghệ đối với loại hình ĐSĐT ngầm, làm cơ sở nghiên cứu điều chỉnh thiết kế, vi chỉnh cục bộ tổng mặt bằng ga ngầm C9 để không nằm vào vùng bảo vệ II của Di tích quốc gia đặc biệt hồ Hoàn Kiếm và đền Ngọc Sơn. Phương án 2 là giữ nguyên, không đề xuất điều chỉnh hướng đoạn tuyến và phương án tổng mặt bằng ga ngầm đã được Ban Quản lý ĐSĐT Hà Nội và các sở, ngành TP thống nhất, đã xác định trong quy hoạch Thủ đô, củng cố các văn bản pháp lý để UBND TP thống nhất với Bộ GTVT, Bộ Xây dựng, làm cơ sở báo cáo Thủ tướng Chính phủ quyết định về hướng đoạn tuyến và vị trí ga ngầm C9. Phương án 3 là giữ nguyên hướng tuyến, xem xét phương án bỏ ga ngầm C9, từ ga ngầm C8 sẽ đến thẳng ga ngầm C10 với yêu cầu bảo đảm tất cả yếu tố về tiêu chuẩn kỹ thuật, kỹ thuật công nghệ liên quan để chạy tàu; phân tích, đánh giá về việc sẽ giảm tổng mức đầu tư, giảm tiến độ thực hiện dự án đầu tư, lưu lượng hành khách...Tuy nhiên, nhiều chuyên gia cho rằng, việc điều chỉnh hướng tuyến và vị trí nhà ga ngầm C9 sẽ không chỉ ảnh hưởng đến tuyến ĐSĐT số 2 mà còn tác động đến toàn hệ thống ĐSĐT (8 tuyến) của TP. Khi đó Hà Nội sẽ phải báo cáo Bộ GTVT, Bộ Xây dựng để trình Thủ tướng Chính phủ điều chỉnh cục bộ các quy hoạch, trong đó có cả Quy hoạch chung xây dựng Thủ đô, Quy hoạch GTVT Thủ đô. Bên cạnh đó, việc điều chỉnh chủ trương đầu tư dự án tuyến ĐSĐT số 2 cũng sẽ dẫn đến việc không bảo đảm kỹ thuật chạy tàu, làm tăng chi phí và phát sinh khiếu kiện phức tạp kéo dài, có nguy cơ cao làm chậm tiến độ, chất lượng dự án.TS giao thông đô thị Đặng Minh Tân nhận định: “Phương án tốt nhất là phương án 2, giữ nguyên vị trí ga ngầm C9. Vướng mắc tại nhà ga này đã kéo dài quá nhiều năm, các vấn đề kỹ thuật đều đã được hàng loạt nghiên cứu chứng minh tính khả thi. Việc điều chỉnh sẽ chỉ gây thêm tốn phí tiền bạc, thời gian, không cần thiết”.
