Theo thống kê của Sở Giao thông Vận tải TP Hồ Chí Minh, toàn TP có 295 bến - gồm 32 bến hàng hóa, 70 bến hành khách, 2 bến hàng hóa - hành khách, 110 bến kinh doanh vật liệu xây dựng, 8 bến khách ngang sông; còn lại là bến neo đậu, bến huấn luyện. Ngoài ra, TP còn 57 bến thùy nội địa không phép hoạt động nhiều năm, chủ yếu là bến vật liệu xây dựng.
Sở Giao thông Vận tải TP đánh giá, với lợi thế 1.000 km đường sông, tiềm năng phát triển giao thông thủy tại TP rất lớn. Tuy nhiên, hiện chưa có quy hoạch cụ thể vị trí bến thủy nội địa mà chỉ quy hoạch cảng thủy nội địa và đã hết hiệu lực từ năm 2020.
Để phát triển hệ thống giao thông thủy, chia sẻ giao thông bộ, cải tạo cảnh quan mội trường, nâng cao chất lượng sống người dân…, trước đó, Sở Giao thông Vận tải TP đã chủ động tham mưu UBND TP ủy quyền cho giám đốc sở chấp thuận chủ trương và cấp phép hoạt động đối với bến thủy nội địa chưa có trong quy hoạch theo quy định, chủ động xây dựng bộ tiêu chí hoạt động bến thủy nội địa làm cơ sở cấp phép và quản lý.
Sở Giao thông Vận tải TP được giao đầu tư xây dựng 11 bến thủy nội địa, trong đó có 6 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 tại 3 quận Bình Thạnh, Thủ Đức và quận 2; 5 bến phục vụ tuyến buýt số 2 tại 3 quận 6,5,8.
Liên quan đến những báo cáo của Sở Giao thông Vận tải TP, mới đây, UBND TP đã giao TP Thủ Đức và các quận, huyện cập nhật 411 vị trí định hướng đầu tư xây dựng bến thủy nội địa giai đoạn 2020-2030 vào các quy hoạch phân khu, quy hoạch chi tiết trong phạm vi địa giới hành chính thuộc phạm vi, trách nhiệm quản lý của TP Thủ Đức và các quận, huyện. Ngoài ra, báo cáo Sở Giao thông Vận tải TP làm cơ sở cấp phép, quản lý hoạt động bến thủy nội địa trên địa bàn TP.
Trước đó, cuối tháng 9/2020, UBND TP cũng đã chấp thuận chủ trương cho Sở Giao thông vận tải TP để đầu tư xây dựng 11 bến thủy nội địa. Trong đó, có 6 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Bình An, Thảo Điền (quận 2), Tầm Vu, Thanh Đa (quận Bình Thạnh), Hiệp Bình Chánh, Linh Đông (quận Thủ Đức); 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: cầu Chữ Y (quận 5), Bình Tây, Lò Gốm (quận 6), Bình Đông, chùa Long Hoa (quận 8).
Đồng thời, Sở Giao thông vận tải TP cũng sẽ tiếp tục thống nhất vị trí, diện tích, pháp lý đối với 7 bến còn lại; trong đó có 2 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 1 gồm: Sài Gòn Pearl (quận Bình Thạnh), Bến Trung tâm Bình Triệu (quận Thủ Đức); 5 bến phục vụ tuyến buýt đường thủy số 2 gồm: Nguyễn Thái Bình, Calmetter (quận 1), chợ Hòa Bình, Nguyễn Tri Phương (quận 5), Khánh Hội (quận 4).