Trong công văn gửi Bộ Giao thông Vận tải (GTVT) báo cáo Chính phủ, UBND tỉnh Thái Bình cho biết, Trạm BOT Thanh Nê có doanh thu thấp hơn nhiều so với phương án tài chính nê không thể hoàn vốn cho chủ đầu tư. Vì lý do đó, tỉnh Thái Bình kiến nghị Chính phủ cho xóa bỏ trạm thu phí này.
Để thực hiện việc xóa bỏ Trạm BOT Thanh Nê, UBND tỉnh Thái Bình kiến nghị Bộ GTVT báo cáo Chính phủ bố trí vốn ngân sách Trung ương hỗ trợ địa phương này để thanh toán một lần cho nhà đầu tư với số tiền còn thiếu khoảng 460 tỷ đồng. Đây là số tiền để hoàn trả vốn đầu tư dự án cho nhà đầu tư để dỡ bỏ trạm thu phí BOT trên.
Nếu trường hợp ngân sách Trung ương không thể bố trí được nguồn kinh phí trên, UBND tỉnh Thái Bình đề nghị cho phép Công ty cổ phần Tasco kéo dài thời gian thu phí đường bộ tại trạm thu phí Tân Đệ với thời gian khoảng gần 2 năm để hoàn trả kinh phí cho nhà đầu tư.
Trạm BOT Thanh Nê thu phí hoàn vốn cho dự án cải tạo, nâng cấp đường 39B, theo hình thức BOT, đoạn từ thị trấn Thanh Nê (huyện Kiến Xương) đến thị trấn Diêm Điền (huyện Thái Thụy). Dự án này được UBND tỉnh Thái Bình phê duyệt với tổng mức đầu tư 2.072 tỷ đồng, với quy mô đường cấp III đồng bằng, tổng chiều dài 28,9 km.
Tuy nhiên, trong quá trình dự án đang được triển khai, Chính phủ đã dừng việc cấp vốn cho dự án. Đến tháng 4/2014, UBND tỉnh Thái Bình đề nghi Thủ tướng Chính phủ cho phép chuyển đổi hình thức thực hiện dự án theo hình thức BOT kết hợp BT. Tám tháng sau đó, UBND tỉnh Thái Bình tiếp tục có quyết định điều chỉnh, bổ sung dự án với tổng mức đầu tư điều chỉnh là 1.881 tỷ đồng.
Trong tổng số gần 2.000 tỷ đồng vốn đầu tư điều chỉnh trên thì có 400 tỷ đồng lấy từ vốn ngân sách địa phương. Thế nhưng, khi điều chỉnh, bổ sung dự án, địa phương này lại bổ sung thêm đoạn từ đường vào Trung tâm điện lực Thái Bình đến cầu Diêm Điền, huyện Thái Thụy với tổng mức đầu tư là 550 tỷ đồng.
Khi dự án hoàn thành, ngày 1/1/2017, UBND tỉnh Thái Bình đã cho phép nhà đầu tư được thu phí để hoàn vốn, thời gian thu phí là 18 năm. Quá trình thu phí, Trạm BOT Thanh Nê có doanh thu trung bình là 130 triệu đồng/ngày. Tuy nhiên, sau khi Chính phủ có chính sách miễn, giảm phí tai các trạm BOT trên cả nước, tỉnh Thái Bình đã có chính sách miễn, giảm giá vé đường bộ cho toàn bộ các hộ dân và doanh nghiệp của 2 huyện Kiến Xương và Tiền Hải qua trạm BOT Thanh Nê. Điều này khiến cho doanh thu bình quân tại trạm này giảm xuống chỉ còn 40 triệu đồng/ngày.
Tỉnh Thái Bình cho rằng, với doanh thu trên, mỗi năm Trạm BOT Thanh Nê chỉ thu được khoảng 14,6 tỷ đồng. Đây là doanh thu thấp hơn rất nhiều so với doanh thu theo phương án tài chính trong hợp đồng đã ký là 55,6 tỷ đồng đồng/năm.
