Ứng dụng vận hành dựa trên điều hành và xử lý công việc trên hệ thống công nghệ thông tin. Các tính năng của cơ quan điện tử hạn chế giấy tờ gồm 10 chức năng chính: Quản lý văn bản phục vụ quản lý và điều hành tác nghiệp theo ISO; Chức năng thông báo và đăng ký lịch họp lãnh đạo Sở; Theo dõi, nhắc việc và quản lý tình hình xử lý công việc của từng cán bộ công chức của Sở; Chức năng nhắn tin, thông báo nội bộ phục vụ thông báo xử lý văn bản gấp, quan trọng; Chức năng đánh giá, xếp loại cán bộ công chức thuộc Sở; Chấm công và theo dõi hồ sơ chấm công; Chức năng nhận văn bản điện tử có chữ ký số trên trục liên thông văn bản quốc gia và UBND TP Hà Nội (Sở là một trong ba đơn vị trong toàn TP được lựa chọn thí điểm điểm); Chức năng ký chữ ký điện tử của Lãnh đạo và phát hành văn bản điện từ giấy tờ (như giấy mời, thông báo, công văn) được ký trực tiếp trên phần mềm có chứng thực bởi chữ ký số.

Đáng chú ý, 2 chức năng tác động trực tiếp tới người dân và DN là: Quản lý tiếp nhận thông tin phản ánh đơn thư khiếu nại của tổ chức công dân; Chức năng quản lý, cập nhật và khai thông tin dự án (FDI; NSNN, ngoài NSNN). 

Qua hệ thống người dùng có thể truy cập vào trang web hapi.gov.vn của Sở KH&ĐT đăng nhập vào hệ thống để sử dụng các ứng dụng phục vụ. Theo đó, 100% các văn bản được gửi và nhận qua đường điện tử có chứng thực số do Ban cơ yếu cung cấp. Có sự tham gia xử lý, phê duyệt của tất cả các bộ phận thuộc Sở tạo nên sự năng động, chủ động trong xử lý công việc của các cán bộ, cong chức, viên chức thuộc Sở, giúp cho việc giải quyết hồ sơ công việc khi đến Sở nhanh chóng và hiệu quả.

Giám đốc Sở KH&ĐT Hà Nội Nguyễn Mạnh Quyền cho biết, 100% các quy trình ISO của Sở đều được tin học hoá thành các phần mềm tác nghiệp, giảm tối đa thời gian quản lý. Khi văn bản được phân bổ về các Phòng, Trung tâm, việc giao và thực hiện xử lý, dự thảo và trình ký được thực hiện ngay trên phần mềm mà không đợi văn bản giấy chuyển đến đơn vị (Văn phòng không in văn bản giấy). Quá trình xử lý công việc của các CBCC, viên chức, các phần mềm ứng dụng trên đều có sự liên thông chặt chẽ giữa các bộ phận thuộc Sở, từ bộ phận một cửa, Văn thư, Ban giám đốc Sở và các phòng, Trung tâm thuộc Sở. Hồ sơ được theo dõi và thống kê xuyên suốt từ khâu tiếp nhận đến khâu thụ lý hồ sơ và phát hành, trả kết quả và lưu trữ, các văn bản có sự liên kết qua lại giữa văn bản đi – đến tạo thành một bộ hồ sơ công việc hoàn chỉnh, đảm báo các hoạt động của các phòng, trung tâm được thông suốt, nhanh chóng, thuận tiện.

Sở KH&ĐT là một trong những đơn vị đi đầu của Hà Nội ứng dụng dịch vụ công trực tuyến mức độ 3,4. Trong đó, riêng về đăng ký thành lập DN qua mạng đạt 100% hồ sơ, đứng đầu cả nước. Đẩy mạnh triển khai mô hình "Cơ quan đăng ký kinh doanh thân thiện", kết nối và cung cấp nhiều dịch vụ tiện ích cho doanh nghiệp như hỗ trợ doanh nghiệp trong quá trình khởi nghiệp, khởi sự kinh doanh và đặc biệt áp dụng thành công dịch vụ công trực tuyến mức độ 4 trong lĩnh vực đăng ký kinh doanh đã giúp cải thiện đáng kể môi trường đầu tư của Thủ đô.