Theo kết luận thanh tra, qua kiểm tra tại hiện trường về sử dụng đất và các hoạt động xây dựng công trình liên quan đến phạm vi bảo vệ cụm công trình thủy lợi cống Cổ Tiểu có 6 bãi vật liệu và 16 công trình, vật kiến trúc các loại (6 mố cầu cảng và 10 công trình khác gồm: Nhà, cẩu đế bê tông, kè bê tông, đường và sân bê tông). Có 3 cá nhân (Đồng Văn Dũng, Nguyễn Công Hùng, Phạm Ngọc Tuyên), đã hoạt động xây dựng trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi.
Thanh tra Sở NN&PTNT đã chỉ rõ những tồn tại và vi phạm của Công ty Đa Độ trong việc quản lý, khai thác, bảo vệ công trình thủy lợi và bãi sông tại cụm công trình thủy lợi cống Cổ Tiểu, gồm: Có 5 hộ cá nhân vi phạm về sử dụng đất, lấn chiếm đất để lập 6 bãi vật liệu, xây dựng 19 công trình, vật kiến trúc. Công ty Đa Độ đã xử lý 3 công trình, còn tồn tại 16 công trình, trong đó 10 công trình vi phạm từ trước năm 2011, 6 công trình vi phạm từ năm 2011 đến nay (3 công trình phát sinh sau năm 2011 đã xử lý dứt điểm).
Công ty Đa Độ báo cáo đã thực hiện cắm cột giới hạn tải trọng, tuy nhiên tại thời điểm thanh tra, hiện trường không có cột giới hạn tải trọng. Công ty chưa cắm mốc giới chỉ giới hạn phạm vi bảo vệ cụm công trình thủy lợi cống Cổ Tiểu.
Bên cạnh đó, Công ty Đa Độ và Trạm Cổ Tiểu còn giao, cho mượn, cho thuê đất và đồng ý cho các hộ hoạt động xây dựng trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi dùng vào mục đích kinh doanh trái quy định của Luật Thủy lợi, để các cá nhân thực hiện nhiều hành vi vi phạm như: Xây dựng công trình, vật kiến trúc, lập bãi kinh doanh vật liệu trái phép; phương tiện thủy neo đậu đã gây cản trở dòng chảy công trình thủy lợi, xe cơ giới vượt tải trọng đi trên công trình thủy lợi, đê điều.
Từ năm 1995 - 2020, Trạm khai thác công trình thủy lợi Cổ Tiểu và Công ty Đa Độ đều đã ký hợp đồng cho thuê mặt bằng với diện tích 14.594m2 đất tại khu vực xen kẹt giữa kênh trước cổng Cổ Tiểu 2, 3 trái quy định pháp luật. Tuy nhiên, báo cáo với đoàn thanh tra, Công ty Đa Độ cho biết mới chỉ thu tiền hợp đồng 6 năm (2011, 2016, 2017, 2018, 2019 và 2020) với số tiền 102 triệu đồng, hàng năm đã được các cơ quan có thẩm quyền kiểm tra quyết toán. Việc Công ty Đa Độ báo cáo về cho thuê đất, mặt bằng, giải trình về lý do các năm không thu tiền là chưa có cơ sở, không đúng quy định, cần được các cơ quan có thẩm quyền kiểm tra làm rõ, xử lý theo quy định.
Ngoài ra, Công ty Đa Độ chưa có sự phối hợp chặt chẽ với xã Đoàn Xá, huyện Kiến Thụy trong việc quản lý hành lang bảo vệ công trình thủy lợi tại bãi sông, do đó đã để các hộ dân lấn chiếm đất trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi và bãi sông để lập bến bãi kinh doanh vật liệu xây dựng.
UBND TP Hải Phòng, Sở NN&PTNN đã có chỉ đạo nhưng Công ty Đa Độ chưa quan tâm chỉ đạo kiểm tra phát hiện, ngăn chặn, xử lý kịp thời, còn nhiều vi phạm chưa xử lý dứt điểm, để tồn tại kéo dài làm nguy cơ mất an toàn công trình thủy lợi, làm ảnh hưởng đến năng lực tiêu thoát nước, hiệu quả phục vụ của công trình thủy lợi, gây dư luận xấu trong công tác quản lý, khai thác và bảo vệ công trình thủy lợi của Thành phố.
Trong thực hiện nhiệm vụ, lãnh đạo Công ty Đa Độ và cán bộ có liên quan đã vi phạm quy định về quản lý và bảo vệ công trình thủy lợi, cho thuê đất, cho mượn đất, giao đất, đồng ý cho các hộ xây dựng công trình trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi không đúng thẩm quyền, vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản công.
Để xảy ra những tồn tại và vi phạm trên, trách nhiệm trước hết thuộc Chủ tịch Công ty Đa Độ, tập thể lãnh đạo Công ty Đa Độ, Trạm trưởng Trạm khai thác công trình thủy lợi Cổ Tiểu và các cán bộ liên quan.
Theo đó, tập thể lãnh đạo Công ty Đa Độ phải chịu trách nhiệm do chưa thực hiện đầy đủ chức trách, nhiệm vụ lãnh đạo, chỉ đạo trong công tác bảo vệ công trình thủy lợi, buông lỏng quản lý, chưa thực hiện nghiêm túc các quy định của Luật Thủy lợi… về quy chế phối hợp, xử lý vi phạm hành chính về thủy lợi và đê điều trên địa bàn Thành phố.
Chủ tịch Công ty Đa Độ chịu trách nhiệm do vi phạm quy định pháp luật trong quản lý, sử dụng tài sản công, trực tiếp chỉ đạo, ký văn bản cho mượn, thuê, giao diện tích đất, đồng ý cho các hộ hoạt động xây dựng trong phạm vi bảo vệ công trình thủy lợi không đúng trình tự, thủ tục, thẩm quyền, dẫn đến phát sinh các hoạt động xây dựng công trình trái phép.
Tập thể lãnh đạo Trạm khai thác công trình thủy lợi Cổ Tiểu chịu trách nhiệm do không hoàn thành nhiệm vụ bảo vệ công trình thủy lợi của Chủ tịch Công ty Đa Độ. Trạm trưởng Trạm khai thác công trình thủy lợi Cổ Tiểu chịu trách nhiệm do vi phạm quy định pháp luật trong quản lý, sử dụng tài sản công, buông lỏng trách nhiệm quản lý để tồn tại nhiều năm hoạt động vi phạm bảo vệ công trình thủy lợi kéo dài, khó xử lý.
Trước đó, báo Kinh tế & Đô thị đã có loạt bài phản ánh về đường đê kênh Cổ Tiểu bị phá nát, dòng chảy sông bị lấn chiếm tại xã Đoàn Xá, huyện Kiến Thuỵ (Hải Phòng) do một số cá nhân tự ý xây dựng trái phép. Công trình sai phạm thủy lợi kênh trước cống Cổ Tiểu đã bị cơ quan chức năng yêu cầu dừng hoạt động từ ngày 15/11/2021.