Trước đó, Bộ GTVT khẳng định trạm thu phí Cai Lậy nằm hoàn toàn trên dự án. Bên cạnh đó, mức giá dịch vụ ở trạm này được xây dựng trên cơ sở khung mức phí quy định tại Thông tư 159 của Bộ Tài chính (mức trần thấp nhất là 15.000 đồng và cao nhất là 200.000 đồng). Mức phí này tương đồng với các trạm BOT khác trên quốc lộ 1 và đường Hồ Chí Minh qua Tây Nguyên (thấp nhất là 35.000 đồng, cao nhất là 180.000 đồng tùy loại xe).
Tuy nhiên, sau khi người dân phản ứng Bộ GTVT đã thực hiện giảm phí cho các xe qua trạm và một số người dân xung quanh khu vực trạm. Hiện trạm thu phí Cai Lậy đang phải xả trạm.
