Bộ không can thiệp sâu vào công tác quản lý, điều hành kinh doanh của doanh nghiệp mà chỉ quản lý với tư cách là chủ sở hữu cấp trên theo quy định của pháp luật.
Doanh nghiệp sẽ chịu trách nhiệm quản lý điều hành mọi mặt sản xuất kinh doanh. Vấn đề cấp bách của các tổng công ty hiện nay đó là hoàn thiện Đề án tái cơ cấu doanh nghiệp và đẩy nhanh tiến trình cổ phần hóa theo đúng kế hoạch. Quan trọng nhất, tái cơ cấu về tài chính, tái cơ cấu các khoản nợ, khoanh nợ, dãn nợ, phân nhóm nợ.