Việc thực hiện cách chức hai lãnh đạo nhà trường được thực hiện sau khi Chủ tịch UBND TP Nguyễn Đức Chung đã họp cùng các sở ban ngành nghe báo cáo và xem xét các quy định về quản lý cán bộ, công chức, viên chức, thống nhất hình thức xử lý.
Sáng 20/2/2017, tại trụ sở UBND TP, đồng chí Nguyễn Đức Chung - Chủ tịch UBND Thành phố, chủ trì họp với Phó Chủ tịch UBND TP Ngô Văn Quý, thiếu tướng Đoàn Duy Khương - Giám đốc Công an TP, Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo (GD&ĐT), Sở Nội vụ, Chủ tịch UBND quận Cầu Giấy, Chánh Văn phòng UBND TP về vụ việc. Tại cuộc họp, thiếu tướng Đoàn Duy Khương đã báo cáo về kết quả điều tra ban đầu đối với vụ tai nạn. Cơ quan điều tra đã xác định ngày 1/12/2016, bà Tại Thị Bích Ngọc và Nguyễn Thị Hương gọi taxi đưa bà Ngọc đi khám tại Bệnh viện Việt Đức.
Sau khi khám xong, cả hai lên xe taxi di chuyển về trường. Khi qua phố Phủ Doãn, các cô giáo này yêu cầu lái xe dừng lại để mua thuốc cho bà Ngọc. Tuy nhiên, do đường Phủ Doãn cấm dừng đỗ nên lái xe taxi biển kiểm soát 30A-702.54 là ông Trần Quốc Tuấn đã đưa card visit cho bà Hương, hẹn khi mua xong thuốc sẽ quay lại đón. Mua thuốc xong, bà Hương đã điện cho lái xe đón và đi về trường. Khi về đến cổng sau nhà trường, bà Hương điện thoại cho bảo vệ trường là ông Trung ra mở cửa để cho xe taxi đi vào. Khi vào đến sân trường, cháu Trần Chí Kiên đang chơi đùa đã chạy về phía đầu xe và bị xe ô tô đâm phải, ngã bệt xuống đất. Lái xe dừng lại thì Hiệu trưởng Tạ Thị Bích Ngọc đi thẳng vào phòng Hội đồng; Hiệu phó Nguyễn Thị Hương đã nâng cháu Kiên lên, do cháu Kiên đau nên đã cùng bảo vệ đưa lên phòng chức năng của nhà trường để thăm khám. Lúc đó, lái xe taxi do chưa biết hậu quả nên đã đi ra khỏi trường.Cơ quan điều tra xác định việc cho xe ô tô taxi biển kiểm soát số 30A-70254 do ông Trần Quốc Tuấn điều khiển đi vào sân trường trong giờ ra chơi của các cháu học sinh trường Tiểu học Nam Trung Yên và gây tai nạn là có thật. Thời điểm xảy ra tai nạn, trên xe có Hiệu trưởng Tạ Thị Bích Ngọc và Hiệu phó Nguyễn Thị Hương. Cơ quan điều tra làm rõ Hiệu phó Nguyễn Thị Hương, mặc dù biết số điện thoại của lái xe taxi gây tai nạn, nhưng không cung cấp kịp thời cho cơ quan điều tra, đồng thời có biểu hiện che dấu vụ việc như: phát phiếu khảo sát về việc không nhìn thấy xe đi trong Trường ngày 1/12/2016. Điều này gây khó khăn cho cơ quan điều tra và vi phạm nghiêm trọng chuẩn mực đạo đức nghề nghiệp người giáo viên.Đối với Hiệu trưởng Tạ Thị Bích Ngọc, thời điểm cháu Trần Chí Kiên bị tai nạn có ngồi trên xe taxi nói trên nhưng không xác nhận xe chở mình gây tai nạn cho học sinh, mặt khác đồng ý với những việc làm sai nói trên của Hiệu phó Nguyễn Thị Hương. Điều này cho thấy Hiệu trưởng không trung thực trong báo cáo, cố tình che dấu vi phạm, gây khó khăn cho cơ quan điều tra, có dấu hiệu vi phạm pháp luật. Việc làm của Hiệu trưởng Tạ Thị Bích Ngọc, Hiệu phó Nguyễn Thị Hương nêu trên tạo dư luận xấu trong xã hội về đạo đức nghề nghiệp và hình ảnh người giáo viên Thủ đô nói riêng, ngành giáo dục Việt Nam nói chung. Tại cuộc họp, các đại biểu đại diện các sở ngành, quận Cầu Giấy đều có ý kiến về vụ việc, đánh giá việc khai báo của các cô giáo trên là thiếu thành khẩn, quanh co, che giấu bản chất sự thật. Không những vậy, mặc dù đã được Sở GD&ĐT, UBND quận Cầu Giấy động viên, làm việc trên tinh thần hướng tới trách nhiệm và sửa sai nhưng cô giáo Tạ Thị Bích Ngọc còn bao biện, vẫn viết đơn thư gửi đến các cơ quan chức năng để che giấu cho hành vi của bản thân mình. Với những căn cứ trên và đơn phản ánh của 18 giáo viên đang công tác tại Trường, Chủ tịch UBND TP Nguyễn Đức Chung đã kết luận chỉ đạo UBND quận Cầu Giấy là đơn vị chủ quản tiến hành họp Hội đồng kỷ luật ngay trong chiều ngày 20/2/2017, kiểm điểm và thực hiện các thủ tục cách chức ngay đối với Hiệu trưởng Tạ Thị Bích Ngọc, Hiệu phó Nguyễn Thị Hương; lựa chọn người thay thế để điều hành công tác của nhà trường đảm bảo ổn định như bình thường. Đồng thời yêu cầu hai giáo viên trên phải tiến hành bàn giao công tác ngay theo quy định. Hai cô giáo đã có hành vi gian dối, làm sai quy định khi nhà trường nghiêm cấm việc cho xe ô tô vào trường nhưng vẫn chỉ đạo bảo vệ mở cửa cho xe vào. Đây là nguyên nhân gây ra hậu quả của vụ việc này, ảnh hưởng đến tinh thần và thể xác của cháu Trần Chí Kiên. Bên cạnh đó việc bao biện, khai báo gian dối làm mất lòng tin của phụ huynh, của học sinh vào nhà trường, vào ngành giáo dục Thủ đô và cả nước. Đặc biệt, ngay cả lái xe taxi Trần Quốc Tuấn cũng đã lên tiếng về sự việc khi các cô giáo biết được hậu quả xảy ra mà không thông báo cho lái xe để có sự chăm sóc, bồi thường với gia đình cháu Kiên.Chủ tịch Nguyễn Đức Chung nhấn mạnh việc cách chức hai cán bộ này không phải là kết thúc mà để phục vụ công tác điều tra của cơ quan cảnh sát điều tra; nếu có vi phạm hình sự sẽ tiếp tục xem xét xử lý; nếu chỉ vi phạm ở mức độ hành chính thì hai cô giáo này cũng không xứng đáng ở vị trí của mình.UBND TP giao Công an TP tiếp tục điều tra, củng cố hồ sơ, làm rõ lời khai và xử lý theo quy định của pháp luật. Trong vụ việc này, hành vi của hai cô giáo có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự về hành vi Khai báo gian dối hay Che giấu tội phạm cũng cần làm rõ, xử lý nghiêm theo quy định, không bao che. Chủ tịch UBND TP nhấn mạnh hành vi phát phiếu khảo sát của hai cô giáo này cũng cần được làm rõ ai là người chủ mưu vì đây là tình tiết tăng nặng khi vụ án được khởi tố. Ngoài ra, Chủ tịch UBND TP Nguyễn Đức Chung cũng giao Sở GD&ĐT khẩn trương tổ chức cuộc họp với toàn ngành, lấy bài học trên để chấn chỉnh toàn bộ ngành giáo dục Thủ đô, đảm bảo thực hiện tốt việc dạy học trong nhà trường đúng kỷ cương, nề nếp.Ngay trong buổi chiều cùng ngày, UBND quận Cầu Giấy đã họp kỷ luật đối với hai cô giáo trên, thống nhất hình thức kỷ luật cách chức đối với hai cán bộ này. Đồng thời, UBND quận cũng lựa chọn một cán bộ thuộc Phòng Giáo dục quận tạm thời đảm nhiệm vị trí phụ trách, điều hành công việc của nhà trường đảm bảo bình thường.