Cụ thể, về cấp phép tại các gầm cầu để trông giữ ô tô, xe máy, Sở GTVT cho rằng, việc hình thành các điểm đỗ xe dưới gầm cầu vượt Mai Dịch, Ngã Tư Sở, ngã tư Vọng… đã có từ trước Thông tư 39 của Bộ GTVT. Các gầm cầu vượt được cấp phép đều có văn bản cho phép của UBND TP Hà Nội phù hợp Khoản 11 Điều 10 của Thông tư 39. Sở GTVT chỉ cấp phép tạm thời sau khi các đơn vị đảm bảo phòng cháy chữa cháy và có phương án tổ chức giao thông không ảnh hưởng đến giao thông chung. Đối với một số giấy phép sử dụng lòng đường để đỗ xe ô tô không đảm bảo theo quy định Thông tư 04 của Bộ Xây dựng, Sở GTVT cho rằng, đã thực hiện đúng Thông tư 39 ngày 18/5/2011 của Bộ GTVT. Tất cả các điểm đỗ xe trên đều được liên ngành Công an TP, Sở GTVT và chính quyền các quận khảo sát thấy đảm bảo ATGT, không ùn tắc, mới cấp phép tạm thời cho các đơn vị trông giữ xe để giải quyết nhu cầu giao thông tĩnh của nhân dân. Liên quan đến vấn đề cấp phép trông giữ xe tại một số phố cấm, Sở GTVT khẳng định không có sai phạm. Cụ thể, lòng đường Đinh Tiên Hoàng, chỉ cấp phép tạm thời tại bến xe điện bờ Hồ cũ phù hợp với Quyết định 165 của UBND TP Hà Nội về quy hoạch giao thông tĩnh. Trên phố Trần Khánh Dư, Trần Nhật Duật tại các vị trí đã thiết kế vịnh để đỗ xe (không phải lòng đường, vỉa hè, không ảnh hưởng đến giao thông) để giải quyết cho nhu cầu nhân dân và bệnh viện, phù hợp Quyết định 165. Tại 34 - 38 Hai Bà Trưng, Sở cấp cho Công ty Khai thác điểm đỗ xe Hà Nội làm điểm đỗ, dừng để các tổ chức, cá nhân đến giải quyết thủ tục hành chính tại Sở Tài chính (đây không phải điểm kinh doanh trông giữ xe). Đối với kết luận của Thanh tra Bộ GTVT về sai phạm trong việc tổ chức thu nộp, quản lý và sử dụng phí, lệ phí khai thác, sử dụng lòng đường, hè phố gây thất thu hàng chục tỷ đồng/năm. Về vấn đề này, lãnh đạo Sở GTVT khẳng định, đã tổ chức thu phí và lệ phí theo đúng quyết định của UBND TP Hà Nội. Việc Thanh tra Bộ GTVT kết luận thất thoát 20 tỷ đồng một năm là chưa có cơ sở.