Dự án chia làm hai giai đoạn. Giai đoạn 1, nâng cấp các hành lang đường thủy số 1 Việt Trì - Hà Nội - Quảng Ninh. Giai đoạn 2, thi công cụm công trình kênh tắt và đê chắn sóng trên sông Ninh Cơ cho tàu 1.000 tấn lên cụm cảng Hà Nội; Xây dựng cầu tàu cho tàu ven biển 3.000 tấn vào cụm cảng Ninh Bình - Ninh Phúc...
