Cơ quan điều tra Bộ Công an đã tống đạt quyết định khởi tố bị can, lệnh khám xét và bắt tạm giam đối với Phạm Trung Hòa (SN 1972, ở quận Hoàng Mai, Hà Nội) - nguyên Phó Giám đốc Trung tâm kiểm nghiệm phân bón Quốc gia, Vũ Tuấn Linh (SN 1975, ở phường Ô Chợ Dừa, Đống Đa, Hà Nội) - nguyên Phó trưởng phòng và Phan Thị Quỳnh Hương (SN 1968, ở quận Hai Bà Trưng, Hà Nội) - nguyên cán bộ trung tâm để điều tra về hành vi lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ. Theo tài liệu của cơ quan điều tra, từ 12/2012 đến 1/2014, Trung tâm kiểm nghiệm phân bón Quốc gia đã ký hàng chục hợp đồng chứng nhận chất lượng hợp quy phân bón với các khách hàng là doanh nghiệp cho khoảng hơn 900 sản phẩm và đã cấp gần 800 giấy chứng nhận hợp quy cho khách hàng. Qua đó đã thu hơn 1,5 tỉ đồng trong tổng số hợp đồng đã ký là hơn 1,8 tỉ đồng. Trong quá trình thực hiện cấp giấy chứng nhận, 3 đối tượng trên đã thực hiện không đúng theo quy định về trình tự, thủ tục. Cụ thể, không tiến hành lấy mẫu, không đánh giá sản phẩm phù hợp với quy chuẩn kỹ thuật đối với nhiều sản phẩm phân bón nhưng vẫn lập khống hồ sơ lấy mẫu, biên bản kiểm tra đánh giá và liên hệ với các đối tượng thuộc phòng nghiên cứu khoa học đất để lập khống nhiều phiếu kết quả phân tích, thử nghiệm. Ngoài ra, trong số hơn 90 bộ hợp đồng trên có gần 20 bộ không có biên bản lấy mẫu và biên bản kiểm tra sản phẩm phù hợp với quy chuẩn kỹ thuật. Quá trình điều tra, cơ quan chức năng còn làm rõ từ năm 2011, một số doanh nghiệp đã ký hợp đồng khảo nghiệm phân bón với Trung tâm Khảo kiểm nghiệm giống, sản phẩm cây trồng và phân bón Quốc gia (đơn vị tiền thân của Trung tâm kiểm nghiệm phân bón Quốc gia) để thực hiện việc khảo nghiệm cho các sản phẩm phân bón. Các đối tượng trên có hành vi thực hiện không đúng quy định về việc khảo nghiệm phân bón nhưng vẫn cấp chứng nhận cho 16 loại phân bón mới cho các doanh nghiệp. Các sản phẩm này sau đó đã được các doanh nghiệp đưa vào sản xuất kinh doanh. Đến năm 2014, Bộ NN&PTNT qua thanh tra phát hiện có sai phạm và kết luận 16 sản phẩm phân bón chưa được tiến hành khảo nghiệm nên đã loại khỏi danh mục phân bón được sản xuất kinh doanh tại Việt Nam. Việc làm trên của các đối tượng đã gây thiệt hại cho các doanh nghiệp hàng trăm triệu đồng.