Theo Hiệp hội Vận tải Hà Nội, khi bến xe mới hoạt động (năm 2003), các doanh nghiệp thường đầu tư xe khách 16 - 29 chỗ, song nay nhu cầu đi lại của người dân tăng lên, doanh nghiệp đã đổi xe 45 - 47 chỗ, có cả xe giường nằm, nên chiếm nhiều diện tích trong bến.
Nhiều xe từ phía Nam đến bến Mỹ Đình từ sáng sớm và xuất hành vào cuối ngày do bến chật không có chỗ đỗ nên phải đỗ ở lòng đường hoặc đỗ tại các bãi đất xung quanh dẫn đến hình thành một số bến "dù".
Để giảm tải cho bến xe này, Hiệp hội vận tải Hà Nội ủng hộ chủ trương phân luồng xe chạy theo các hướng của TP, song cần có lộ trình và công khai cho các doanh nghiệp được biết để tham gia ý kiến.
Ngoài ra, TP cần hỗ trợ Tổng Công ty Vận tải Hà Nội mở rộng bến xe Mỹ Đình, xử lý nghiêm các bến "cóc" xung quanh.
