Theo Quyết định số 400/QĐ-TTg, Chủ tịch Hội đồng là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Phó Chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Các thành viên Hội đồng gồm lãnh đạo các Bộ: Giao thông vận tải, Tài chính, Xây dựng, Tư pháp, Quốc phòng, Công an và lãnh đạo Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, lãnh đạo Ủy ban nhân dân tỉnh Lào Cai.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định liên ngành.
Quyết định số 400/QĐ-TTg nêu rõ: Trách nhiệm, quyền hạn và nguyên tắc hoạt động của Hội đồng thẩm định liên ngành; trách nhiệm và quyền hạn của Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng, các thành viên Hội đồng, cơ quan thường trực Hội đồng thẩm định liên ngành được thực hiện tương ứng theo quy định tại Điều 10, Điều 11, Điều 12, Điều 13, Điều 14 Nghị định số 35/2021/NĐ-CP ngày 29 tháng 3 năm 2021 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư.
Hội đồng được sử dụng con dấu của Bộ Kế hoạch và Đầu tư để phục vụ cho hoạt động của Hội đồng. Hội đồng tự giải thể sau khi kết thúc nhiệm vụ.
