Bộ trưởng Bộ KH & ĐT làm Chủ tịch Hội đồng. Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư làm Phó Chủ tịch Hội đồng.
Các Ủy viên Hội đồng gồm lãnh đạo các Bộ, cơ quan ngang Bộ: Giao thông vận tải, Tài nguyên và Môi trường, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Quốc phòng, Công an, Xây dựng, Tài chính, Khoa học và Công nghệ, Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Tư pháp.Trách nhiệm, quyền hạn của Hội đồng, Chủ tịch Hội đồng, Phó Chủ tịch Hội đồng, các thành viên Hội đồng, cơ quan thường trực Hội đồng và Tổ chuyên gia Thẩm định liên ngành được thực hiện theo các quy định tại Nghị định 131/2015/NĐ-CP ngày 25/12/2015 của Chính phủ hướng dẫn về dự án quan trọng quốc gia.