Năm 2013, dự toán thu ngân sách Quốc hội giao cho ngành Hải quan là 237.000 tỷ đồng tăng 20% so với năm 2012. 6 tháng đầu năm, số thu của ngành Hải quan tuy tăng 4,1% so với năm trước nhưng chỉ đạt 39,9% dự toán. Đây là tỷ lệ thu thấp nhất trong 5 năm gần đây và thu ngân sách của ngành Hải quan bị hụt thu trên 24.000 tỷ đồng. Tại hội nghị sơ kết 6 tháng đầu năm của ngành Hải quan, các ý kiến tham luận đã nêu rõ: kết quả thu ngân sách của ngành hải quan giảm so với dự toán là do việc xây dựng dự toán thu ngân sách quá cao, trong khi nguồn thu lại không tăng. Đồng thời Việt
Dự kiến thu ngân sách năm 2013 của ngành Hải quan chỉ đạt 213 000 tỷ đồng và hụt thu so với dự toán trên 20.000 tỷ đồng. Cùng với việc số thu thuế nội địa có nguy cơ không đạt dự toán thì việc hụt thu của ngành Hải quan đang đặt ra bài toán về cân đối thu chi cho hợp lý để giảm gánh nặng thu ngân sách của ngành tài chính và sức ép về thuế cho cộng đồng doanh nghiệp.