Ông Nguyễn Thanh Long sinh ngày 3/9/1966 tại xã Bạch Long, huyện Giao Thủy, tỉnh Nam Định. Ông tốt nghiệp thạc sĩ y khoa chuyên ngành truyền nhiễm, Đại học Y Hà Nội năm 1995; tiến sĩ y khoa năm 2003; Phó giáo sư y học năm 2009; Giáo sư y học năm 2013.
Từ năm 1995 đến năm 2003, ông là chuyên viên Vụ Y tế dự phòng, Bộ Y tế. Từ tháng 12/2003 đến tháng 5/2005, ông là Trưởng phòng Kiểm soát và phòng chống HIV/AIDS, Cục Y tế dự phòng và phòng chống HIV/AIDS, Bộ Y tế.
Từ tháng 6/2005 đến tháng 3/2008, ông là Phó Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS, Bộ Y tế. Từ tháng 3/2008 đến tháng 11/2011 là Cục trưởng Cục phòng chống HIV/AIDS. Từ tháng 12/2011 đến tháng 10/2018, ông là ủy viên Ban cán sự đảng, Thứ trưởng Bộ Y tế.
Ông có 7 năm đảm nhiệm cương vị Thứ trưởng Bộ Y tế trước khi được Ban Bí thư điều động, bổ nhiệm giữ chức Phó trưởng ban Tuyên giáo Trung ương.
Khi dịch bệnh Covid-19 bắt đầu ghi nhận tại Việt Nam, với uy tín trong lĩnh vực y học dự phòng, ông được Thủ tướng Chính phủ điều động, bổ nhiệm tái giữ chức vụ Thứ trưởng Bộ Y tế từ 31/1.
Việc điều động Thứ trưởng Nguyễn Thanh Long vào thời điểm đó, có vai trò quan trọng trong việc triển khai các kế hoạch và thực hiện tốt các hoạt động kiểm soát, phòng chống dịch Covid-19 tại Việt Nam.
Là người trực tiếp chỉ đạo các lĩnh vực công tác y tế dự phòng, kiểm dịch y tế biên giới, phòng chống dịch bệnh, quản lý môi trường y tế; Thứ trưởng Nguyễn Thanh Long đã phát huy tốt vai trò và để lại dấu ấn sâu sắc trong cuộc chiến chống đại dịch Covid-19.
Cho tới thời điểm này, đã gần 3 tháng, Việt Nam không xuất hiện ca nhiễm Covid-19 mới trong cộng đồng. Thành công này, thể hiện tầm nhìn chiến lược và kế hoạch chống dịch của Việt Nam đã đi đúng hướng và được Thế giới ghi nhận. Thành quả đó, không thể không nói đến những cống hiến, nỗ lực, thậm chí là những hy sinh của toàn ngành y tế, trong đó có những người đứng đầu Bộ Y tế.
Bộ Y tế hiện có 4 Thứ trưởng gồm các ông Trương Quốc Cường, Nguyễn Trường Sơn, Đỗ Xuân Tuyên và Trần Văn Thuấn.
