Theo nhiều tài xế, mức phí hiện nay đang áp dụng cho các phương tiện đi qua trạm BOT Mỹ Lộc quá cao. Mức phí này đắt hơn nhiều so với các tuyến cao tốc thu phí kín. Nhiều tài xế còn thắc mắc về việc "đi 3,9km mất 30.000 đồng tiền phí" ở trạm BOT Mỹ Lộc. Bên cạnh đó, vấn đề liên quan đến vị trí đặt trạm BOT Mỹ Lộc cũng được cho là có nhiều bất cập.
Tại Bộ GTVT, những tài xế này đưa ra 7 câu hỏi liên quan đến Trạm BOT Mỹ Lộc đề nghị lãnh đạo Bộ GTVT làm rõ. Trong đó, có thắc mắc việc có hay không BOT Mỹ Lộc thu tiền từ năm 2009 khi dự án còn chưa hoàn thành, việc thu tiền khi người dân chưa sử dụng dịch vụ của BOT là đúng hay sai theo quy định của pháp luật? Căn cứ thông tư, nghị định nào mà trạm BOT này được thu phí khi dự án còn trên giấy? Vì theo Thông tư 90/2004/TT-BTC không cho phép điều đó?Ngoài ra, nhóm tài chế đề nghị Bộ GTVT công khai hợp đồng, các phụ lục hợp đồng, bản vẽ thiểt kế, bản vẽ hoàn công và các thủ tục nghiệm thu thanh quyết toán, quá trình hình thành và vận hành (bao gồm các chi phí mua sắm trang thiết bị liên quan cũng như phương án tài chính) tại BOT Mỹ Lộc để người dân hiểu và giám sát. Theo họ, cơ quan Nhà nước có thẩm quyền là người ký hợp đồng nhưng Nhân dân là người phải trả tiền nên cần minh bạch thông tin.Trước rất nhiều ý kiến phản ánh của các lái xe, lãnh đạo Bộ GTVT cho biết, hôm nay (27/8) là ngày tiếp dân cuối cùng trong tháng 8/2018. Hiện, Bộ GTVT đã tiếp nhận thông tin, đồng thời, yêu cầu các Cục, Vụ đưa ra phương án xử lý trong thời gian sớm nhất nhằm ổn định tình hình đời sống người dân và trật tự an ninh xã hội nơi đặt trạm thu phí.Trong thời gian qua, cùng với Trạm BOT Tân Đệ, Trạm BOT Mỹ Lộc tại Nam Định đã vấp phải phản ứng của nhiều tài xế khi họ không đồng thuận với mức phí, vị trí đặt trạm cũng như nhiều vấn đề khác liên quan đến các trạm thi phí này. Hiện cả hai trạm đều đã xả trạm không thu phí, người dân túc trực nơi đây 24/24. Các tài xế cũng đã đặt câu hỏi tới Bộ GTVT về ý kiến của Bộ về việc này, có định tổ chức thu phí lại không?. Nếu Bộ GTVT chưa tìm được phương án đề nghị tạm thời xả trạm, đến khi có phương án phù hợp, để người dân không phải trực ở đây 24/24 nữa.