Mục đích của việc phân chia này nhằm tăng tính cạnh tranh, nâng cao chất lượng phục vụ hành khách và để xây dựng thương hiệu riêng.
Theo đó, Công ty Vận tải hành khách đường sắt Hà Nội sẽ quản lý, khai thác các mác tàu SE1/2 và SE5/6. Công ty Vận tải hành khách đường sắt Sài Gòn quản lý, khai thác các mác tàu SE3/4 và SE7/8. Để tạo thuận lợi và không ảnh hưởng đến hành khách cũng như đơn vị khai thác, Tổng Công ty Đường sắt sẽ quản lý và ban hành giá vé tàu, đồng thời giao các công ty quản lý phương án bán vé cả hai chiều của các mác tàu.
