Trung tâm chịu sự chỉ đạo, quản lý trực tiếp của Tổng Công ty Đường sắt Việt Nam đồng thời thực hiện các nhiệm vụ thuộc lĩnh vực phòng, chống, ứng phó sự cố thiên tai, cứu nạn đường sắt khác khi có yêu cầu của Ban Chỉ đạo phòng, chống lụt, bão T.Ư, Ủy ban Quốc gia tìm kiếm, cứu nạn, Ủy ban ATGT Quốc gia và Bộ GTVT…