Tuy nhiên, Sở cũng chỉ ra những tồn tại cần khắc phục trong công tác xây dựng, phát triển và quản lý đô thị như: quy hoạch chi tiết còn thiếu, chưa đáp ứng yêu cầu; việc phát triển hạ tầng kỹ thuật, hạ tầng xã hội trong và giữa các dự án phát triển đô thị với nhau và với các khu dân cư xung quanh còn thiếu đồng bộ; việc quản lý, vận hành, khai thác và dịch vụ đô thị tại các khu đô thị, khu nhà ở, nhà tái định cư chưa tốt, thiếu cơ chế, quy chế, điều lệ quản lý...