Thông tư nêu rõ, nếu vi phạm hành chính trong lĩnh vực quản lý phí, lệ phí, mức phạt tiền tối đa đối với cá nhân là 50 triệu đồng, đối với tổ chức là 100 triệu đồng. Ngoài việc bị áp dụng hình thức xử phạt chính, cá nhân, tổ chức vi phạm hành chính còn bị áp dụng một trong các biện pháp khắc phục hậu quả như buộc hoàn trả toàn bộ tiền phí, lệ phí đã thu do thực hiện sai pháp luật về phí, lệ phí cho người nộp phí. Trong trường hợp không xác định được người để hoàn trả thì nộp vào ngân sách Nhà nước.
