Theo đó, Bộ Tài chính phải trả lại hơn 7 tỷ đồng đã truy thu sai quy định cho Maseco. Cuối năm 2012, Chánh thanh tra Bộ Tài chính ban hành quyết định xử phạt truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp số tiền hơn 7 tỷ đồng từ năm 2009 đến 2011 với lý do Maseco đã hết thời hạn hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp với mức 20% mà phải chịu mức thuế suất 25% nên bị truy thu tiền chênh lệch. Không đồng tình với quyết định này, Maseco đã nộp đơn khởi kiện ra tòa.