Tuy nhiên, dù cố gắng không ngừng về công tác chuyên môn, chăm sóc người bệnh, nhưng một vấn đề lâu nay khiến cán bộ, nhân viên bệnh viện cũng như bệnh nhân và người dân xung quanh trăn trở, lo lắng là điều kiện khám, chữa bệnh gặp nhiều khó khăn do cơ sở vật chất đã xuống cấp, nhất là tình trạng ô nhiễm do nước thải của bệnh viện. Qua các đợt kiểm tra của ngành chức năng, chất lượng nước thải ra môi trường của bệnh viện luôn vượt quá tiêu chuẩn cho phép khá lớn, mức độ ô nhiễm nghiêm trọng do bị hòa tan và nhiễm các chất độc có trong chất thải bệnh viện. Khối lượng chất, nước thải được đo đếm cụ thể tại Bệnh viện đa khoa Đống Đa lên tới 80m3/ngày, có nguy cơ tác động trực tiếp không chỉ đối với cán bộ, y bác sỹ, bệnh nhân, mà với cả người dân của 4 phường Quang Trung, Ô Chợ Dừa, Trung Liệt, Nam Đồng, xung quanh bệnh viện. TS Lê Hưng, Giám đốc Bệnh viện đa khoa Đống Đa cho biết, đây hiện là cơ sở y tế duy nhất của Hà Nội chưa có hệ thống xử lý nước thải chuẩn. Nước thải của bệnh viện chỉ được khử khuẩn đơn thuần bằng CloraminB nên tác dụng hạn chế, chưa xử lý triệt để được mầm gây bệnh. Do đặc thù của bệnh viện tiếp nhận các bệnh nhân mắc bệnh truyền nhiễm trên địa bàn thành phố nên nguy cơ lây nhiễm dịch bệnh cao, nhất là khi trời mưa, nước ngập, vì vậy rất cần có hệ thống xử lý chất thải đúng quy trình, bảo đảm xử lý được triệt để mầm bệnh. Nếu xây dựng được hệ thống xử lý này sẽ đem lại lợi ích rất lớn cho người bệnh, người nhà bệnh nhân, cán bộ y tế và người dân khu vực.
Trước đó, từ năm 2003, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành Quyết định số 64/2003/QĐ-TTg, phê duyệt “Kế hoạch xử lý triệt để các cơ sở gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng”, trong đó có Bệnh viện đa khoa Đống Đa. Căn cứ Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, ngày 17/7/2009, HĐND TP đã ra Nghị quyết số 03/2009/NQ- HĐND, và ngày 18/9/2010, UBND TP đã ban hành Kế hoạch số 142/KH - UBND về việc triển khai đề án “Nhiệm vụ và các giải pháp xử lý ô nhiễm môi trường bức xúc trên địa bàn thành phố Hà Nội đến năm 2010”, trong đó có dự án xây dựng Trạm xử lý nước thải của Bệnh viện đa khoa Đống Đa. Từ thời điểm đó đến nay, 24/25 đơn vị trên địa bàn thành phố đã hoàn thành, riêng chỉ còn Bệnh viện đa khoa Đống Đa chưa xây dựng hệ thống xử lý nước thải. Việc dự án vì môi trường, vì sức khỏe cộng đồng này chưa được triển khai, khiến đại bộ phận người dân càng tăng thêm sự lo lắng, bức xúc.
Thấy rõ được sự cấp thiết cần phải cải thiện môi trường của Bệnh viện đa khoa Đống Đa, từ năm 2009, dự án Xây dựng Trạm xử lý nước thải tại Bệnh viện đa khoa Đống Đa đã được UBND TP phê duyệt và theo kế hoạch hoàn thành vào quý IV/2009 cùng với 24 đơn vị y tế khác trên địa bàn. Tiếp đó, tháng 5/2010, Sở Y tế Hà Nội đã có tờ trình xin phê duyệt điều chỉnh, bổ sung lại kế hoạch đấu thầu dự án để bảo đảm vệ sinh môi trường cho bệnh viện, khu vực lân cận và đã được phê duyệt. Theo kế hoạch này, hệ thống xử lý nước thải có công suất 250 m3/ngày đêm áp dụng công nghệ AAO của Nhật Bản được đặt nổi trên bệ bê tông cốt thép có diện tích đất 175m2 tại khu vực vườn hoa của bệnh viện. Hệ thống đường ống thu gom từ các khoa phòng và từ phía sau của bể tự hoại sử dụng ống PVC dẫn về bể điều hòa đặt ngầm dung tích 40m3, trên diện tích đất khoảng 15m2. Đây là hệ thống hợp khối đã được Bộ KHCN thẩm tra khi áp dụng vào một số dự án xử lý nước thải của Bộ Y tế. Trạm xử lý nước thải sẽ bảo đảm khử được vi khuẩn, vi trùng trong nước thải đạt tiêu chuẩn và quy chuẩn Việt Nam trước khi xả ra hệ thống thoát nước công cộng. Vì thời gian thi công theo công nghệ này chỉ mất 2 tháng nên lộ trình được đề ra là sẽ hoàn thành dự án trong tháng 7/2010.
Tuy nhiên đã hơn một năm qua, dự án vẫn dậm chân tại chỗ bởi những lý do không đáng có. Rất mong các cơ quan chức năng đẩy nhanh triển khai dự án, đáp ứng nguyện vọng chung của toàn thể nhân dân trong khu vực và cán bộ, y bác sỹ, bệnh nhân của bệnh viện.