Tại khu vực Hà Nội, số giếng khoan có hàm lượng ô nhiễm phốt phát cao hơn mức cho phép (0,4 mg/l) hiện chiếm tới 71%. Còn tại khu vực khác như Hà Giang, Tuyên Quang, hàm lượng sắt ở một số nơi cao vượt mức cho phép trên 1mg/l, có nơi trên 15 - 20 mg/l, tập trung chủ yếu quanh các mỏ khai thác sunphua. Ngoài ra, việc khai thác nước ngầm quá mức ở tầng hologen cũng làm cho hàm lượng asen trong nước dưới đất tăng lên rõ rệt, vượt mức giới hạn cho phép 10mg/l.