Theo đó, sẽ có 3 tuyến chính được phép khai thác đó là: sông Hàn - cầu Trần Thị Lý; Sông Hàn - cửa biển - bán đảo Sơn Trà và sông Hàn - hòn Chảo.
Cụ thể, tuyến thứ nhất sông Hàn – cầu Trần Thị Lý có lộ trình: Cảng, bến xuất phát - hạ lưu cầu Trần Thị Lý - thượng lưu cầu Thuận Phước - cảng, bến xuất phát (đích đến cuối cùng). Thời gian hoạt động từ 7 giờ 30 – 22 giờ 30 hàng ngày, riêng thứ bảy, chủ nhật và ngày lễ kết thúc lúc 23 giờ.Tuyến thứ 2 có lộ trình: Cảng, bến xuất phát - cầu Thuận Phước - bán đảo Sơn Trà - cảng, bến xuất phát (đích đến cuối cùng). Thời gian hoạt động từ 7 giờ 30 - 17 giờ 30. Riêng tàu khách (nhà hàng nổi) kết thúc trước 21 giờ.Tuyến thứ 3 có lộ trình: Cảng, bến xuất phát - cầu Thuận Phước - bãi Sũng Cỏ - hòn Chảo - cảng, bến xuất phát (đích đến cuối cùng). Thời gian hoạt động từ 7 giờ 30 - 17 giờ 30. Riêng tàu khách (nhà hàng nổi) kết thúc trước 21 giờ.Cả ba tuyến này phục vụ loại hình kinh doanh vận tải hành khách theo tuyến cố định, kinh doanh vận tải hành khách theo hợp đồng chuyến, kinh doanh vận chuyển khách du lịch.Phương tiện hoạt động trên tuyến sông Hàn – Trần Thị Lý phải được cơ quan đăng kiểm chứng nhận một trong các vùng hoạt động: SI, SII, SB, vùng IV và có khả năng khai thác từ 50 khách đến 250 khách; kích thước phương tiện phù hợp với cấp IV – cấp kỹ thuật đường thủy nội địa.Phương tiện hoạt động trên tuyến sông Hàn – cửa biển – bán đảo Sơn Trà phải được cơ quan đăng kiểm chứng nhận vùng hoạt động SB và có khả năng khai thác từ 30 khách đến 250 khách; kích thước phương tiện phù hợp với cấp I – cấp kỹ thuật đường thủy nội địa.Phương tiện hoạt động trên tuyến sông Hàn – hòn Chảo phải được cơ quan đăng kiểm chứng nhận vùng hoạt động SB và có khả năng khai thác từ 30 khách đến 250 khách; kích thước phương tiện phù hợp với cấp I – cấp kỹ thuật đường thủy nội địa.Chủ phương tiện, thuyền viên phải theo dõi chặt chẽ tình hình thời tiết và khả năng chịu sóng gió của phương tiện để bảo đảm an toàn trong quá trình hoạt động trên tuyến. Thuyền trưởng có trách nhiệm thông báo đến Cảng vụ hàng hải Đà Nẵng và chịu sự giám sát, điều động của hệ thống giám sát, quản lý hàng hải tàu thuyền Đà Nẵng (VTS Đà Nẵng) khi hoạt động ở vùng vịnh và vùng nước cảng biển Đà Nẵng. Thuyền viên làm việc trên phương tiện phải có giấy chứng nhận khả năng chuyên môn, bằng, chứng chỉ chuyên môn phù hợp theo quy định.Sở Giao thông vận tải Đà Nẵng có trách nhiệm hướng dẫn tổ chức, cá nhân tham gia kinh doanh vận tải hành khách đường thủy nội địa trang bị về phương tiện, triển khai hoạt động kinh doanh theo quy định trên các tuyến vận tải được công bố. Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng TP chủ trì, phối hợp với các đơn vị liên quan quản lý, kiểm tra, kiểm soát, xử lý nghiêm các hành vi vi phạm trật tự an toàn giao thông đường thủy trong khu vực biên giới biển thành phố Đà Nẵng.Sở Du lịch có trách nhiệm tổ chức triển khai và kiểm tra, giám sát các nội dung liên quan đến hoạt động du lịch trên các tuyến vận tải; cung cấp vị trí các điểm du lịch, khu du lịch, cơ sở lưu trú du lịch trên tuyến vận tải để xác định điểm dừng, đỗ cho phương tiện thủy đón trả khách du lịch.Kể từ sau khi xảy ra vụ chìm tàu Thảo Vân 2 vào tháng 6/2016 làm ba người chết, TP Đà Nẵng đã siết chặt công tác kinh doanh vận tải du lịch đường thuỷ. Việc thi hành quyết định này nhằm đảm bảo an toàn cho hoạt động vận tải hành khách bằng đường thủy trên sông Hàn tránh những sự cố đáng tiếc xảy ra gây thiệt hại đến tính mạng con người và tài sản.
