Thực hiện Đề án, cơ quan chức năng đã quan trắc chất lượng nước mặt sông Nhuệ, sông Đáy và kiểm tra tình hình thực hiện công tác bảo vệ môi trường đối với các khu, cụm công nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh, dịch vụ, làng nghề trên lưu vực sông. UBND TP cũng đang triển khai hai dự án xây dựng trạm xử lý nước thải tập trung trên sông Nhuệ tại cụm làng nghề xã Dương Liễu, huyện Hoài Đức... Hiện, các dự án này đã được Thủ tướng chấp thuận chủ trương đầu tư, Bộ TN&MT đang tích cực phối hợp với UBND TP Hà Nội triển khai dự án.