Trong đó, chỉ ra một loạt sai sót của Bộ Tài chính trong quản lý nợ công và kiến nghị bộ này phải điều chỉnh tăng thêm 5.012 tỷ đồng nợ công. Trong số 5.012 tỷ đồng tăng thêm, nợ nước ngoài 4.966 tỷ đồng, nợ bảo lãnh vay nước ngoài 18 tỷ đồng và nợ địa phương 28 tỷ đồng.
Cụ thể, với các khoản vay trong nước, Bộ Tài chính chưa có hướng dẫn và chưa thực hiện các thủ tục ký hợp đồng nhận nợ đối với Tổng Công ty Đầu tư và Phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) theo ý kiến của Phó Thủ tướng về vướng mắc chuyển đổi cơ chế tài chính trái phiếu công trình do Chính phủ bảo lãnh. Theo đó, KTNN kiến nghị Bộ Tài chính phải kiểm điểm các tập thể, cá nhân có liên quan trong việc chưa hướng dẫn và làm chậm thủ tục ký nhận nợ với VEC khoản ứng trả nợ từ Quỹ tích luỹ 2.477 tỷ đồng theo chỉ đạo của Thanh tra Chính phủ.Đối với công tác điều hành, quản lý các khoản vay nợ chính quyền địa phương, KTNN cho biết, số liệu theo dõi nợ chính quyền địa phương tại Kho bạc Nhà nước của 46 tỉnh, thành chênh lệch 7.144 tỷ đồng so với số liệu theo dõi của cơ quan tài chính được Vụ Ngân sách Nhà nước tổng hợp lên bản tin nợ công. KTNN cũng xác định hàng loạt tồn tại về công tác quản lý, sử dụng Quỹ tích lũy trả nợ nước ngoài, bao gồm: Số phải thu bảo lãnh năm 2016 là 711 tỷ đồng, bằng 173,8% kế hoạch (409 tỷ đồng), lập kế hoạch nhưng không chi tiết thu phí cho vay lại (số phải thu 2016 là 135 tỷ đồng)… Từ đó, KTNN kiến nghị Bộ Tài chính khẩn trương rà soát, đối chiếu các khoản đã ghi thu, ghi chi nhưng chủ dự án chưa nhận nợ hoặc các dự án đã nhận nợ nhưng chưa thực hiện ghi thu - chi và ký xác nhận biên bản vay nợ. Báo cáo của KTNN cũng cho hay, tính đến cuối năm 2016 dư nợ các khoản Chính phủ cho vay lại đối với các khách hàng, dự án là 315.997 tỷ đồng, tăng 10,2% so với năm 2015 (286.705 tỷ đồng). Có 60 dự án chuyển nợ quá hạn gồm cả gốc, lãi, phí, tương đương với 10.556 tỷ đồng. Trong đó, dự án Vinashin có nợ quá hạn 8.180 tỷ đồng, gồm nợ từ nguồn trái phiếu quốc tế 6.563 tỷ đồng, nợ từ nguồn vay Chính phủ Ba Lan là 1.617 tỷ đồng.
