Trong thời gian 12 tuần, các đội viên sẽ được bồi dưỡng những kiến thức chung về quản lý Nhà nước, quản lý Nhà nước trên các lĩnh vực ở xã, kỹ năng cần thiết đối với phó chủ tịch xã (6 tuần), đi thực tế tại huyện, xã (5 tuần). Sau thời gian bồi dưỡng, các đội viên có một tuần để làm khóa luận và để Ban quản lý dự án 600 phó chủ tịch xã (thuộc Bộ Nội vụ) đánh giá kết quả, hoàn thiện hồ sơ cho những học viên có đủ điều kiện bố trí công tác.
Theo chương trình bồi dưỡng lý thuyết, các đội viên được bồi dưỡng 26 chuyên đề, trong đó có những kỹ năng cần thiết đối với phó chủ tịch xã như kỹ năng lập kế hoạch, ra quyết định quản lý hành chính Nhà nước, tổ chức và điều hành cuộc họp, xây dựng và quản lý ngân sách, vận động nhân dân, tiếp công dân, giải quyết khiếu nại, tố cáo, chăm sóc sức khỏe cá nhân và cộng đồng và những kỹ năng mềm, kỹ năng xử lý tình huống. Với chương trình đi thực tế, các đội viên nắm được phong tục tập quán và những nét văn hóa đặc trưng ở địa phương, quan sát, tìm hiểu thực tế cách thức làm việc của huyện, xã, tiếp xúc với người dân, phương thức sản xuất, tập quán canh tác và các biện pháp xóa đói, giảm nghèo của từng thôn-bản, tập sự làm phó chủ tịch xã theo hướng dẫn của Chủ tịch xã và sự hỗ trợ của cán bộ, công chức xã. Để đảm bảo chất lượng bồi dưỡng, giúp học viên nắm chắc lý thuyết và tính thực tiễn hoạt động quản lý nhà nước ở xã, ngoài những giảng viên, báo cáo viên là những cán bộ sở tại có kiến thức và thực tiễn quản lý Nhà nước ở xã, Bộ Nội vụ còn mời các giáo sư, chuyên gia có kinh nghiệm tham gia đào tạo, bồi dưỡng. Theo Thứ trưởng Bộ Nội vụ, Trưởng Ban chỉ đạo Dự án 600 phó chủ tịch xã Nguyễn Tiến Dĩnh, việc tăng cường các trí thức trẻ ưu tú, có trình độ đại học về làm phó chủ tịch xã thuộc huyện nghèo theo Nghị quyết 30a của Chính phủ là thể hiện sự quan tâm của Đảng và Nhà nước đối với các xã này, là sự đột phá về công tác cán bộ. Chủ tịch Ủy ban Nhân dân tỉnh Cao Bằng Nguyễn Hoàng Anh, cho biết ngay từ khi Dự án được phê duyệt, tỉnh Cao Bằng đã sớm chuẩn bị các bước công việc triển khai đề án. Việc tuyển chọn đảm bảo theo các quy định đề ra, các trí thức trẻ được tuyển chọn có tư tưởng chính trị vững vàng, phẩm chất đạo đức tốt, ý thức tổ chức kỷ luật cao./.
