Từ ngày 16/12/2015 đến ngày15/12/2016, lực lượng kiểm soát Hải quan đã phát hiện, bắt giữ, xử lý 15.489 vụ, trị giá hàng hóa vi phạm ước tính khoảng 416 tỷ 498 triệu đồng, thu nộp ngân sách 171 tỷ 249 triệu đồng. Cơ quan Hải quan đã khởi tố 47 vụ; chuyển cơ quan khác khởi tố 95 vụ.
Thời gian qua, Tổng cục Hải quan đã chức triệt phá thành công nhiều chuyên án lớn liên quan đến buôn bán, vận chuyển trái phép động vật hoang dã quý hiếm, được dư luận trong nước và cộng đồng quốc tế đánh giá cao. Trong kỳ, lực lượng kiểm soát Hải quan đã phát hiện, bắt giữ, xử lý 31 vụ liên quan đến mua bán, vận chuyển trái phép động, thực vật hoang dã và các sản phẩm từ động thực vật hoang dã.
Trong đó, đã đấu tranh triệt phá nhiều vụ vận chuyển trái phép động, thực vật hoang dã, sản phẩm động vật hoang dã với số lượng lớn như: vụ vận chuyển trái phép 137,5kg ngà voi và các sản phẩm chế tác từ ngà voi (vòng, hạt) từ Ăngola về Nội Bài, vụ vận chuyển trái phép 9.052kg vỏ mai đồi mồi, 1.345kg tắc kè, 16kg đồi mồi sống từ Indonesia về cảng Hải An, Hải Phòng; vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép 300kg gỗ trắc từ Lào về Việt Nam qua cửa khẩu La Lay, Quảng Trị,... Cơ quan này cũng kiểm soát chặt chẽ hoạt động buôn lậu, vận chuyển trái phép vũ khí, vàng trên tuyến hàng không.
Các đơn vị đã chủ trì, phối hợp với các lực lượng chức năng phát hiện, bắt giữ, xử lý nhiều vụ buôn lậu, vận chuyển trái phép các mặt hàng này như: Vụ vận chuyển 11 khẩu súng ngắn được cất giấu tinh vi trong 1 vỏ loa thùng, vụ vận chuyển 47 hộp đạn (mỗi hộp 500 viên đạn chì) trong lô hàng quà biếu; vụ xuất lậu vàng đi Hàn Quốc với số lượng 80 cây vàng...
Trong năm 2016, các hình thức vận chuyển ma túy ngày càng tinh vi. Ông Nguyễn Phi Hùng- Cục trưởng Cục Điều tra Chống buôn lậu cho hay, đơn vị này đã chủ trì, phối hợp với các lực lượng chức năng triệt phá thành công 81 vụ/102 đối tượng liên quan đến buôn bán, vận chuyển trái phép các chất ma túy qua biên giới. Trong đó, đáng lưu ý, lực lượng Kiểm soát Hải quan đã chủ trì, phối hợp phát hiện, bắt giữ, xử lý nhiều vụ vi phạm liên quan đến vận chuyển trái phép qua đường chuyển phát nhanh hàng không vào Việt Nam mặt hàng lá thảo mộc có chứa chất ma túy Cathinone và Cathine với tổng trọng lượng hàng hóa vi phạm trên 5 tấn.
Để nâng cao năng lực, hiệu quả trong công tác đấu tranh phòng, chống buôn lậu, gian lận thương mại, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, năm 2017, ngành Hải quan sẽ tiếp tục ưu tiên tạo thuận lợi trong hoạt động xuất nhập khẩu, xuất nhập cảnh nhưng vẫn đảm bảo công tác kiểm soát hải quan. Tập trung thực hiện tốt các công tác nghiệp vụ cơ bản nhằm xác định các đối tượng, địa bàn trọng điểm, hàng hóa trọng điểm để phát hiện, đấu tranh với các hành vi buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.