Theo đó, trước tình trạng mưa lớn có thể gây ngập đường băng, ảnh hưởng việc khai thác, an toàn bay, ngoài ra còn dễ dẫn đến việc gây nổ trạm điện dẫn đến đóng cửa sân bay nên UBND TP Hồ Chí Minh đã có công văn khẩn cấp nhằm có các biện pháp đồng thời hạn chế tối đa các sự cố có thể xảy ra trong thời gian mùa mưa sắp tới.
Việc Cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất liên tục gặp tình trạng ngập nước vào mùa mưa năm 2015 khiến lãnh đạo thành phố phải nhanh chóng có những buổi kiểm tra cũng như chỉ đạo sát sao trong công tác chống ngập vào năm nay tránh tái diễn những sự cố đáng tiếc như mùa mưa năm vừa rồi. Trước đó, trong đợt kiểm tra hệ thống thoát nước của sân bay, đoàn kiểm tra phát hiện cát, sỏi đá bồi lắng bên trong hệ thống thoát nước, có đoạn cát, đá, rác dày đến 50-60 cm, gây cản trở dòng chảy. Hệ thống thoát nước nội bộ của sân bay Tân Sơn Nhất có ba hướng thoát chính ra bên ngoài thông qua tuyến mương Nhật Bản và hai tuyến nhánh thuộc kênh A41 chảy về đường Cộng Hòa. Trong quá trình kiểm tra hệ thống này cũng phát hiện tình trạng lấn chiếm rạch thoát nước theo tuyến kênh A41 rất nghiêm trọng.
Ở một số đoạn kênh nhà dân mọc san sát dọc bờ kênh khiến lòng kênh bị thu hẹp, có nhiều đoạn người dân xây cầu bêtông kiên cố bắc ngang kênh. Tình trạng lấn chiếm xảy ra tương tự ở đoạn kênh thoát nước A41 đi qua các tuyến đường Giải Phóng, Yên Thế. Đây chính là những nguyên nhân dẫn đến việc sân bay Tân Sơn Nhất liên tục bị ngập nặng trong mùa mưa. Trước tình trạng trên, Trung tâm Điều hành chương trình chống ngập nước thành phố đã tiến hành nạo vét hai tuyến nhánh thuộc kênh A41 phía bên ngoài sân bay. Tuy nhiên việc nạo vét chỉ là giải pháp tình thế chưa giải quyết được tận gốc căn nguyên của vấn đề. Đối với công tác chống ngập cho cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất trong mùa mưa 2016, lãnh đạo thành phố đã yêu cầu Công ty sửa chữa máy bay A41 (Bộ Quốc phòng) và Cảng vụ hàng không miền Nam tiến hành tự tổ chức nạo vét, duy tu hệ thống thoát nước trong khu vực quản lý. Xây dựng quy chế phối hợp ứng cứu khi xảy ra ngập nước. Đối với 2 đoạn cống bị sụp băng ngang đường Phan Thúc Duyện (thuộc phạm vi Nhà máy A41 quản lý), UBND TP Hồ Chí Minh cũng yêu cầu Nhà máy A41 thực hiện ngay việc cải tạo 2 đoạn cống trên để đảm bảo thoát nước cho khu vực sân bay và Nhà máy A41 (đoạn tiếp giáp giữa hệ thống thoát nước nội bộ với rạch A41), hoàn thành trước ngày 15/6/2016. Ngoài ra, để đảm bảo thoát nước tạm cho tuyến rạch A41, Trung tâm chống ngập có trách nhiệm lập kế hoạch, tổ chức nạo vét, duy tu thường xuyên tuyến rạch này đồng thời bố trí thêm nhân sự để tăng cường chế độ tuần tra nhằm phát hiện các hành vi lấn chiếm, xâm hại trái phép hệ thống thoát nước và có biện pháp xử lý kịp thời, hạn chế ảnh hưởng đến dòng chảy của rạch. Để giải quyết một cách căn cơ tình trạng ngập nước cho khu vực sân bay Tân Sơn Nhất và nhiều tuyến đường lân cận, quận Tân Bình có trách nhiệm giải tỏa các hộ dân lấn chiếm hai bên bờ rạch. Tổ chức thường xuyên và liên tục công tác tuyên truyền, vận động người dân trong khu vực không xả rác xuống rạch; tăng cường kiểm tra, xử phạt nghiêm đối với những trường hợp vi phạm. Thường xuyên tổ chức ngày chủ nhật xanh vận động người dân tham gia làm vệ sinh để thông thoáng lòng rạch. Về giải pháp lâu dài, UBND TP Hồ Chí Minh sẽ cân đối vốn để triển khai, lập dự án đầu tư xây dựng công trình cải tạo kênh A41 (từ sân bay Tân Sơn Nhất ra đường Cộng Hòa) và dự án bồi thường giải phóng mặt bằng, giúp cảng hàng không quốc tế Tân Sơn Nhất không còn nơm nớp lo ngập mỗi khi mùa mưa về.