Để giảm nhẹ áp lực tài chính trong giai đoạn kinh tế khó khăn, ngay từ khi triển khai việc thu phí, Cục Đăng kiểm Việt Nam đã cho phép doanh nghiệp vận tải được đóng phí theo năm. Tuy nhiên, Cục cũng đề nghị các doanh nghiệp vận tải trong quá trình nộp phí, do cơ quan này phải giải quyết rất nhiều các công việc như cấp tem, biên lai thu phí, vì vậy doanh nghiệp nên đóng theo chu kỳ 3 tháng sẽ thuận tiện cho cả đăng kiểm và doanh nghiệp.