Theo đó, Bộ GTVT đề xuất mở thêm tuyến vận tải Tân Hiệp – Lý Sơn dành cho phương tiện khai thác vận tải là tàu biển từ cấp hạn chế III trở lên và tuyến Trà Vinh – Côn Đảo với điều kiện phương tiện khai thác vận tải là tàu biển từ cấp hạn chế II trở lên.
Hiện đảo Lý Sơn có 4 tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo: Đà Nẵng – Lý Sơn, vịnh An Hòa (Quảng Nam) – Lý Sơn, Cửa Đại (Quảng Nam) – Lý Sơn, Sa Kỳ - Lý Sơn (Quảng Ngãi); đảo Côn Đảo cũng có 4 tuyến: Cần Thơ - Côn Đảo, TP. HCM – Côn Đảo, Vũng Tàu – Côn Đảo, Trần Đề (Sóc Trăng) - Côn Đảo.
Việc cấp phép vận tải hành khách cố định trên tuyến từ bờ ra đảo đang do cảng vụ hàng hải khu vực thực hiện hoặc cơ quan, đơn vị chức năng do UBND cấp tỉnh giao. Trong khi đó, dự thảo thông tư quy định phân cấp cho Sở GTVT của UBND các tỉnh, TP trực thuộc Trung ương thực hiện.
Về quản lý tuyến, theo các thông tư trên, Bộ GTVT giao Cục Hàng hải Việt Nam tổ chức kiểm tra, hướng dẫn việc thực thi, chấp hành các quy định của pháp luật về hàng hải, đường thủy nội địa đối với tuyến nằm trong danh mục các tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo.
Cục Đường thủy nội địa Việt Nam tổ chức quản lý hoặc kiểm tra, hướng dẫn các cơ quan, đơn vị được giao tổ chức quản lý đối với các tuyến từ bờ ra đảo khác được công bố theo pháp luật giao thông đường thủy; tổ chức kiểm tra, hướng dẫn đối với tuyến từ bờ ra đảo được phân cấp cho địa phương.
Để được cấp phép, tổ chức, cá nhân gửi hồ sơ trực tiếp hoặc qua hệ thống bưu chính đến Sở GTVT địa phương hoặc gửi trực tuyến qua hệ thống dịch vụ công trực tuyến hồ sơ đăng ký vận tải hành khách cố định. Sở GTVT gửi xin ý kiến bằng văn bản tới Cảng vụ hàng hải khu vực, Cảng vụ đường thủy nội địa trực thuộc Cục Đường thủy nội địa Việt Nam nơi có tuyến vận tải thủy từ bờ ra đảo đi qua để hoàn thiện hồ sơ cấp phép vận tải.
